На подавление мятежа были направлены боевые отряды из Москвы, Иваново-Вознесенска, Вологды, Костромы, Петрограда, Рыбинска. Ярославль был окружен. Две недели шла борьба с мятежниками. Город обстреливался артиллерией. Начались пожары. Перхуров, увидев бесполезность дальнейшего сопротивления, бежал. Оставшиеся члены штаба восставших, чтобы спасти свою жизнь, решили «сдаться» немецким военнопленным, находившимся в Ярославле. Председатель германской комиссии военнопленных лейтенант Балк 21 июля принял «капитуляцию». Командование советских войск потребовало от немцев выдачи мятежников и возвращения взятого у них оружия. Балк вынужден был выполнить это требование. 22 июля восстание в Ярославле было полностью подавлено. «Союз защиты родины и свободы» прекратил свое существование.
Разгром «Союза защиты» сорвал планы белогвардейцев и англо-французских империалистов, рассчитанные на свержение Советской власти путем организации восстания одновременно в Москве и в городах Поволжья, приуроченного к мятежу Чехословацкого корпуса и началу интервенции союзников на Севере. Операция по ликвидации «Союза», несмотря на некоторые ее изъяны, показала возросшее мастерство ВЧК. Если до этого она боролась главным образом с бандитизмом, спекуляцией, выявляла небольшие группы контрреволюционеров, то теперь успешно справилась с раскрытием крупной, глубоко законспирированной военно-заговорщической организации.
Некоторые руководители и наиболее активные участники «Союза защиты» по постановлению ВЧК были расстреляны. Суровую кару понесли и ярославские мятежники.
Б. В. Савинков вскоре бежал в Польшу. В эмиграции он организовал так называемый «Народный союз защиты родины и свободы», развернувший широкую разведывательно-диверсионную работу против Советского государства. В августе 1924 года ОГПУ в результате тщательно подготовленной операции удалось заманить его на территорию СССР и арестовать. На суде он признал свои преступления. Военная коллегия Верховного суда СССР приговорила Савинкова к расстрелу, замененному Президиумом ЦИК СССР лишением свободына 10 лет. В мае 1925 года, находясь в тюрьме, Савинков покончил жизнь самоубийством.
Н. С. Григорьев был убит в 1919 году колчаковцами. Ф. А. Бредиса, арестованного в июле 1918 года, ВЧК приговорила к расстрелу. А. П. Перхуров ушел к Колчаку, получил воинское звание генерал-майора. В составе колчаковской армии сражался против советских войск. После окончания гражданской войны пробрался на службу в штаб Приуральского военного округа. В мае 1922 года был разоблачен и в июле того же года по приговору Военной коллегии Верховного трибунала подвергнут высшей мере наказания. Таков был бесславный конец руководителей «Союза защиты».
