Сегунская армия в течение нескольких месяцев не могла подавить крестьянское антифеодальное выступление. Только помощь голландских кораблей, бомбардировавших с моря замок Хара, где сосредоточилась 30-тысячная армия повстанцев, позволила войскам сегуна из рода Токугава взять его штурмом и учинить кровавую расправу над восставшими. Залпы голландских корабельных орудий оказались победными.
Помощь сегунату в подавлении симабарского восстания поставила голландцев в исключительное положение в закрытой стране. Так они на долгое время монополизировали все контакты Японии с внешним миром. В единственный порт в стране — Нагасаки — два раза в год был разрешен заход голландских, а также корейских и китайских кораблей. Но голландцы содержались на острове Десима в обстановке, «более похожей на тюрьму, чем на факторию» европейцев в азиатской стране. Иностранцам строго запрещалось заниматься миссионерской деятельностью.
Жестокая система самоизоляции Японии, которая просуществовала до 1867 года, привела к тому, что люди из экспедиции капитан-командора Витуса Беринга в 1739 году были первыми и более чем на сто последующих лет последними русскими, беспрепятственно и на самое непродолжительное время сошедшими на землю Японии.
Правящий в ней сегунат в 1804 году занял жесткую позицию в отношении экспедиции выдающегося мореплавателя России И.Ф. Крузенштерна на шлюпе «Надежда», совершавшем первое русское кругосветное плавание, а в 1811 году — откровенно враждебную по отношению к экспедиции капитан-лейтенанта В.М. Головнина. Последнему, вероломно захваченному в плен вместе со своими спутниками на южнокурильском острове Кунашир, пришлось провести два года, по сути дела, в заточении у японцев.
Недоброжелательность японских властей по отношению к иностранцам, в том числе и к россиянам, обернулась неизбежными при этом вооруженными столкновениями. Япония упорно отказывалась от контактов с Европой, в том числе и с Российской империей, которая становилась ее соседом. Так, неудачей закончились переговоры, которые вел зимой 1804—1805 годов Н. Резанов.
Осенью 1806 года в заливе Анива, на южной оконечности Сахалина, происходило первое вооруженное столкновение сторон. С русской стороны в нем участвовал экипаж небольшого фрегата «Юнона» под командованием лейтенанта Н.А. Хвостова. Весной следующего года Хвостов вновь появился у сахалинских берегов вместе с мичманом Г.И. Давыдовым, командиром шлюпа (тендера) «Авось». Дело вновь доходит до перестрелки с японцами, и русские моряки в бою «истребили» два японских селения.
