Освоение Курил продолжалось. В 1785—1786 годах русские проживали и на острове Итуруп. В российское подданство принимаются все новые группы жителей Курильской гряды. Вскоре происходит законодательное закрепление этих земель за Россией. Именным указом от 22 декабря 1786 года императрицы Екатерины II Великой все Курильские острова, Аляска (Русская Америка), Алеутские, Лисьи и некоторые другие острова в северной части Тихого океана были присоединены к Российской империи.
Так Российское государство, законодательным актом утвердив свое присутствие на всей Курильской гряде, входило в соседство со Страной восходящего солнца. Отношения России с империей на Японских островах складывались непросто и по времени очень долго.
Японцы тоже стремились утвердиться на островах Курильской гряды, прежде всего на южных, ближайших к Хоккайдо. Богатый рыбой остров Кунашир превращается в базу для набегов на русские поселения на южных островах Курил. Местное айнское население облагается налогами, сбор которых проводился японцами с особой жестокостью, что не раз приводило к столкновениям с применением оружия.
В 1789 году на острове Кунашир вспыхнуло восстание айнов и было убито более 70 японцев. Сегунским чиновникам удалось подавить восстание лишь благодаря военной помощи феодального княжества Мацумаэ, правитель которого отправил на Кунашир военный флот из 30 судов с солдатами. Возмущение кунаширских айнов было подавлено с большой жестокостью.
Соседские отношения — торговые, дипломатические и государственные — между Россией и Японией складывались крайне трудно. Причина крылась прежде всего в том, что при императорах Иэясу и Иэмицу Токугава (30—50-е годы XVII века) Страна восходящего солнца, расположенная на островах Хонсю, Кюсю и Сикоку, встала на путь самоизоляции.
Под угрозой смертной казни японцам с 1636 года запрещалось покидать отечество и строить большие корабли, которые могли использоваться для дальнего плавания, а иностранцам — высаживаться где-либо на берегах Японии. Подобное предписание, относящееся к 1825 году, требовало обстреливать иностранные суда в случае их приближения к японским берегам.
Только в 1842 году местные власти получили указ, разрешающий снабжать (за плату) прибывающие в японские порты иностранные суда водой и продовольствием. И лишь потом японские чиновники могли требовать их ухода от берегов империи.
В порядке исключения лишь голландским судам разрешалось находиться только в одном порту на острове Десима (Дэдзима), в бухте Нагасаки. Поводом для такого исключения из законодательного правила было следующее. В 1637 году в Симабара, близ города Нагасаки, произошло сильное крестьянское восстание под христианскими лозунгами. Повстанцы были вооружены огнестрельным оружием, полученным от европейских миссионеров, которое помогло им добиться ряда успехов. Восстание быстро охватило значительный район острова Кюсю.
