Интернет-сайты «Московская альтернатива» и «Неофициальная Москва» создавал и поддерживал именно ФЭП. Он же поддерживает интернет-странички Бориса Немцова и Сергея Кириенко и сетевой проект «Интернет-парламент» (www.elections.ru), к созданию которого имел непосредственное отношение Сергей Кириенко. В рамках кампаний по выборам депутатов Государственной Думы РФ в декабре 1999 года и выборов Президента РФ в марте 2000 года ФЭП осуществил проект по публикации в интернете результатов exit polls, то есть опросов уже проголосовавших избирателей. Хотя результаты exit polls не совсем соответствовали действительности, общие закономерности парламентских выборов они продемонстрировали (в частности, высокий результат «Единства»). Из-за этой акции у ФЭПа возникли осложнения с Центризбиркомом, который расценил действия фонда как нарушение избирательного законодательства. Однако судебного разбирательства не состоялось.
В 2000 году фонд создал экспертный сайт VVP.ru, где было организовано обсуждение экспертным сообществом проблем и задача, стоящих перед Президентом России Владимиром Путиным.
Весной 2001 года ФЭП создал сайт журнала «Фас» (Михаил Леонтьев), в ноябре 2001 года фонд открыл интернет-сайт «Гражданского форума».
Последние интернет-проекты ФЭПа финансировались со стороны президентской Администрации и соответственно получали соответствующее идеологическое наполнение. Первым таким проектом стало создание в 2000 году национальной информационно системы Страна.Ру. Этот проект претендует на роль своеобразного сетевого официоза. В 2001 году была создана аналогичная система, посвященная Украине — информационный центр Украина.ру.
Летом 2001 года были открыты целых три новых проекта ФЭПа. Первый — — был изначально сориентирован на иностранную аудиторию и предоставление последней информацию о политической и экономической ситуации в России. Аналогичным был проект , содержащий обозрение ведущих печатных издании и электронных СМИ России. Проект стал аналогом проекта inopressa, включает обозрение зарубежных изданий, касающихся России. Все три проекта были разработаны совместно со Страной.Ру.
Аналогичным тематическим проектом стало создание в 2001 году информационного канала «Чеченская республика», призванный давать официальную точку зрения на происходящие в Чечне события. Информационными источниками, соответственно, выступили государственные СМИ — телекомпания РТР, радиостанцией Маяк и агентство ИТАР-ТАСС, Страна.ру, также Информационное управление Президента РФ и Правительство Чеченской республики.
