В рамках данного сотрудничества ФЭП осуществлял информационно-аналитическую поддержку, разрабатывал и поддерживал «сетевые» проекты СПС. Помимо этого, ФЭП принимал самое активное участие в мэрской кампании Сергея Кириенко в Москве. Вместе с ФЭПом работал Марат Гельман, инициатор всех громких культурных проектов кампании Кириенко, кульминацией которых стало проведение альтернативного праздника «Дня города», так называемой «Неофициальной Москвы».
Одновременно шло сотрудничества ФЭПа и персонально Глеба Павловского с Администрацией Президента РФ. Главным образом, оно заключалось в консультациях по текущему политическим вопросам и выработке стратегии действий Кремля в обстановке приближающихся выборов в парламент и президентской кампании. По неофициальной информации, Павловский стал вхож в Кремль через Валентина Юмашева.
Помимо этого, в Администрацию Президента РФ ФЭП поставлял свои информационно-аналитические разработки, содержащие анализ и оценку материалов, опубликованных за неделю в федеральных и региональных средствах массовой информации и прямо или косвенно затрагивающих интересующую Кремль тематику. В этом смысле ФЭП позиционирует себя как центр анализа информационно-политического поля для президентских структур.
В рамках сотрудничества с Кремлем ФЭП принимал непосредственное участие в подготовке парламентских выборов 1999 года, работал над формированием блока «Медведь». Позже Павловский назовет себя идеологом «Единства», что не вполне соответствовало действительности. Говорили, что и идея создания «Центра стратегических разработок» принадлежала Павловскому, которого даже прочили в его руководители. Хотя эти сообщения не подтвердились, специалисты ФЭПа очень активно работали и продолжают работать в Центре стратегических разработок (ЦСР) Германа Грефа. В частности, в здание на Якиманке был откомандирован Максим Мейер.
Активное участие ФЭП принимал и в подготовке выборов Президента РФ в марте 2000 года, после удачного завершения которых Павловский окончательно закрепил за собой статус «серого кардинала Кремля».
Отдельным направлением работы ФЭПа являются, как мы уже упоминали, интернет-проекты. Вообще, фонд стал одной из первых в России структур, профессионально занявшейся разработкой, созданием и поддержанием интернет-проектов, а, кроме того, обеспечивающей их высокий содержательный уровень. С лета 1997 года в сети ФЭП начал поддержку сетевого ежедневного издания «Русский журнал» (www.russ.ru). В 2001 году на базе «Русского журнала» было создано сетевое обозрение «Религия в России». В декабре 1998 года ФЭП запустил одну из первых ежедневных сетевых газет (www.gazeta.ru), главным редактором которой стал Антон Носик (позже ушел в МедиаМостNetworks). Затем в сентябре 1999 года был запущен проект новостной ленты www.lenta.ru, в октябре 1999 года — ежедневной интернет-газеты «Вести» (www.vesty.ru), проект «СМИ.RU: Информация и дезинформация» (www.smi.ru).
