Работать он начал в киббутце близ Херцлия, на побережье недалеко от Тель-Авива. Вскоре он женился; какое-то время они с женой жили в палатке, разбитой среди песчаных дюн. Проработав (и очень успешно) около десяти лет в еврейском колхозе, Иссер вместе со своей веселой и энергичной женой Ривкой вышел из киббутца и открыл свое небольшое предприятие по упаковке апельсинов. Биографы Харела считают, что именно в тот период Иссер, один из пионеров социализма, утратил интерес к нему и постепенно начал переходить на все более жесткие "антимарксистские" позиции, хотя ещё очень долго был среди "левых". Перед второй мировой войной он вступил в "Хагану"; с 1944 года работал в "Шаи". В ходе и после Второй мировой войны он собрал огромный архив, в котором сосредотачивались документы о нацистских преступниках, материалы по внутренней и внешней безопасности и многочисленные сведения о странах-соседях. Слухи об этом архиве, который хранился то в лабораторной палатке лепрозория, то в потайной комнате в Тель-Авиве16, вызвали большой интерес англичан, но добраться до него так и не смогли. Личные дела и секретные досье, картотеки и архивы, которые теперь находятся в тщательно охраняемом помещении в Яффе, стали важнейшей основой становления (а во многом и могущества) израильских спецслужб.
Годы подполья оказались отличной школой. Бен-Гурион отметил разведывательный талант Харела (Иссер поменял фамилию в 1948 году) и поддерживал его продвижение по службе. В 36 лет Иссер стал первым директором "Шин Бет". А затем Бен-Гурион назначил его одновременно директором "Моссада"; так Иссер Харел, подотчетный только премьеру, на многие годы стал фактически вторым человеком в Израиле.
Ко времени назначения на пост руководителя "Моссад" ему было всего 40 лет, хотя он выглядел на все 50. Однако впечатление о нем как о пожилом и усталом человеке было обманчивым: Харел обладал неутомимой юношеской энергией.
О начале деятельности Харела на посту директора "Моссад" много лет рассказывается легенда, которая, впрочем, дает очень наглядное представление и о самом Маленьком Иссере, и самое главное - о реальной обстановке тех лет.
... - Иссер, мне нужно пять тысяч долларов, - с такой просьбой в первый же день пребывания Харела на посту директора "Моссада" обратился к нему редактор лейбористской газеты "Давар" Дан Пайнз.
- Зачем тебе эти деньги? - спросил Харел.
- Как, ты не знаешь? - изобразил изумление Пайнз и стал пространно рассказывать историю о шпионской сети, которая у него якобы была в Советском Союзе.
