Управление частями при организации полетов в глубокий тыл врага мало чем отличалось от управления при ударах по объектам оперативного тыла.
Основным средством управления экипажами в воздухе являлось радио. В 1942 г. штаб ДА осуществлял контроль за полетом каждого экипажа в глубокий тыл врага через Центральный узел радиосвязи. На одной радиоволне связь держалась с 15-20 самолетами. Одновременно через Центральный узел связи можно было вести переговоры с 200 экипажами. Пеленгаторная сеть имела три пеленгаторных пункта. Каждый из них фиксировал все передачи экипажей и данные пеленгации через свою радиостанцию сообщал Центральному узлу. Главная радиостанция могла по запросам экипажей передавать курсовой пеленг или координаты. Во время полетов в глубокий тыл радиосвязь держалась на удалении до 1600 км. Для того времени это было большое расстояние. Однако связь с экипажами обеспечивалась устойчиво. Летом 1942 г. были организованы приемные радиоузлы КП полков.
Весной 1943 г. были сформированы авиакорпуса. Основная масса экипажей имела уже опыт длительных полетов, а командиры и штабы научились управлять подчиненными. Управление экипажами стало осуществляться с КП полков через радиосредства рот связи.
В повседневной деятельности ДА значительная роль принадлежала многочисленному отряду офицеров штабов всех степеней. Они проводили огромную работу, оказывая помощь командованию в формировании, сколачивании частей, организации и обеспечении их действий, непрерывного управления, боевой подготовки, размещении и отдыхе личного состава, учете и отчетности, подготовке документов к награждению отличившихся в боях и т. д.
Успешно работали штабы всех степеней под руководством начальника штаба ДА Героя Советского Союза генерала М. И. Шевелева (до лета 1944 г.) и генерала Н. В. Перминова, начальников штабов корпусов генералов Богданова, Дьяченко, Ковалева и полковников Зотина, Базанова, Савельева, Стоколяса, Усачева, Тарасюка.
Офицеры оперативного управления штаба под руководством генерала Н. Г. Хмелевского и его заместителя генерала П. П. Беличенко, совершенствуя методы работы подчиненных штабов, сравнительно быстро преодолели недостатки в работе и наладили надежное управление соединениями. Хорошо подготовленные опытные офицеры даже в самые напряженные периоды работали слаженно, ритмично, без суеты, оказывая друг другу товарищескую помощь. Сколоченность штаба, взаимозаменяемость его офицеров позволили быстро реагировать на изменения обстановки и проводить необходимые мероприятия.
