В предвоенные годы руководство ДА осуществляло Главное управление ВВС Красной Армии (5-е управление по ДВА), с марта 1942 г. по декабрь 1944 г. Ставка ВГК.
Тяжелая обстановка в первые месяцы войны - утрата господства в воздухе, нарушение проводной связи, неотработанность радиосвязи - усложняла управление ВВС фронтов и ДА из единого центра в Москве.
Авиационные корпуса ДА находились в подчинении командующих ВВС фронтов. Управление ими оставляло желать лучшего. Так, например, в первые 13 дней войны задачи ДА ставили как НКО, командующий ВВС Красной Армии, так и командующие фронтами. Это усугубляло и без того тяжелое положение соединений, привело к распылению усилий, к неоправданным потерям. Лишь 4 июля 1941 г. директивой Ставки было установлено, что задачи ДА может ставитъ только начальник Генерального штаба. Через несколько дней Ставка создала промежуточные органы стратегического руководства ВВС в целом, которые, находясь в районе действий фронтов, осуществляли оперативное руководство всей авиацией. 10 июля 1941 г. в составе Главного Командования стратегических направлений Северо-Западного, Западного и Юго-Западного фронтов были образованы соответствующие главные командования ВВС направлений, которым подчинялись авиакорпуса, а затем и отдельные авиадивизии ДА.
Все это в какой-то мере улучшило управление ВВС, в том числе и ДА. В то же время главнокомандующие ВВС направлений не могли до конца решить все проблемы управления авиацией, так как еще не имели опыта руководства, подготовленных кадров, штабов и достаточных полномочий по руководству всеми видами авиации.
В первые месяцы войны вышестоящие штабы (Генеральный штаб, ВВС Красной Армии, ВВС фронтов, авиакорпусов ДА) из-за недостатка времени и опыта не успевали своевременно готовить все оперативные документы для авиадивизий ДА и вынуждены были перейти к составлению кратких распоряжений по предстоящей операции и оперативной директивы.
В ходе операции штаб ВВС, командующие ВВС фронтов практиковали постановку авиасоединениям частных задач. Широкое распространение нашли предварительные распоряжения.
В связи со стремительным продвижением вражеских бронированных колонн, частым изменением обстановки и с общей неустойчивостью фронта в первые месяцы войны действия соединений ДА, как правило, планировались на короткие отрезки времени (день, сутки-двое), а иногда даже на отдельный вылет. Чаще экипажи вылетали "по вызову", исходя из создавшейся обстановки на фронте, что затрудняло их подготовку и приводило к снижению эффективности бомбардирования. В то же время, учитывая обстановку тех дней, вылеты "по вызову" в ряде случаев были единственно возможными. Они позволяли в критические моменты применять тяжелые бомбардировщики по танковым колоннам на подходе к полю боя.
