Приступив к исполнению своих обязанностей в столице Испании, Медина поспешил осуществить свою давнишнюю мечту: посетить замок в селении Симанкас, неподалеку от Вальядолида, который по распоряжению испанского короля Карла V в 1540 г. был превращен в хранилище государственных документов, в том числе касающихся управления американскими колониями.
В момент посещения симанкасского архива Мединой его 51 зал был забит десятками тысяч различных папок с документами. Разобраться в этом хозяйстве было довольно трудно, так как не имелось никаких описей. Но это не обескуражило пытливого чилийского ученого, который, забыв о своих дипломатических обязанностях, в течение многих недель рылся в древних рукописях.
Старания Медины увенчались заслуженным успехом. В одном из подвальных помещений, темном и сыром, именуемом "Колодцем епископа", он неожиданно натолкнулся на архив колониальной инквизиции, надежды обнаружить который уже давно потеряли ученые. Но передадим слово самому Медине: "Когда в конце 1884 г. я переступил порог монументального архива, расположенного в небольшой деревушке Симанкас, мне и в голову не пришло, что именно там хранятся бумаги трибуналов американской инквизиции или что когда-либо я займусь подобной темой. Тем не менее я начал просматривать эти бумаги, в надежде обнаружить некоторые важные факты, относящиеся к колониальной истории Чили... Изучая их, я все больше и больше убеждался в том, что эти документы представляют огромный интерес для познания жизни американских народов, находившихся под властью метрополии. Одновременно я убедился, что все написанное до тех пор об инквизиции не соответствовало богатству обнаруженных там документов, интерес и значение которых выходили далеко за пределы самой темы".
Два года работал Медина в симанкасском архиве, проделав в буквальном смысле титаническую работу: он собственноручно снял копии с тысяч документов. Собранный им материал образует 65 больших томов, хранящихся теперь в национальном архиве в Сантьяго (Чили). Вернувшись с этим драгоценным багажом на родину, ученый не покладая рук трудился над написанием истории инквизиции в Испанской Америке. О феноменальной работоспособности Медины свидетельствует тот факт, что в 1887 г., всего лишь год спустя после своего возвращения в Чили, он издает большой двухтомник, посвященный истории трибунала инквизиции в Перу. В 1890 г. следует двухтомник "История священного трибунала инквизиции в Чили". В 1899 г. одновременно выходят три исследования о деятельности трибунала инквизиции в Картахене, вице-королевстве Ла-Плата и на Филиппинах. В 1905 г. Медина издает двухтомник по истории инквизиции в Мексике, и, наконец, в 1914 г. выходит в свет его последняя работа - "Ранняя американская инквизиция (1493-1569)".
