В начале XX столетия многие инквизиционные дела были выкрадены американскими спекулянтами в Мексике и проданы за большие деньги частным лицам в США. "Покупка и продажа оригинальных мексиканских исторических документов,- отмечает американский историк Сеймур Б. Либман,- стала прибыльным бизнесом. Некоторых людей это толкнуло на кражу материалов из Национального архива Мексики, а других - на контрабандную переброску их из Мексики в нарушение законов".
Хотя часть документов, относящихся к деятельности колониальной инквизиции, сохранилась в архивах латиноамериканских стран, главный ее архив, хранившийся в Испании, до последней четверти XIX в. считался утерянным. Самое большое число документов по истории колониальной инквизиции собрано в Национальном архиве Мексики, где их имеется 1553 тома, охватывающих период с 1521 по 1823 г. Их опись составляет 15 томов.
Со второй половины XIX века, когда дело независимости стран Латинской Америки упрочилось и политическое положение в некоторых республиках несколько стабилизировалось, начинают появляться первые работы латиноамериканских исследователей по истории колониальной инквизиции.
В 1863 г. одновременно были опубликованы две такие работы. Первая из них под названием "Анналы инквизиции в Лиме" принадлежит перу Рикардо Пальме (1833- 1919) - передовому перуанскому публицисту и писателю. Это произведение выдержало много изданий и постоянно дополнялось автором. Оно переиздается и в наше время как часть популярных исторических очерков автора, объединенных единым названием "Перуанские традиции". Автор второй работы - "Чем была инквизиция в Чили" - чилийский либеральный историк Бенхамин Викунья Маккенна опубликовал ее в журнале "Ревиста де Буэнос-Айрес". Несколько лет спустя, в 1868 г., этот же историк опубликовал в Вальпарайсо исследование, посвященное Франсиско Мойену, одной из жертв "священного" трибунала в Лиме.
Однако эти и следовавшие за ними работы носили фрагментарный и популярный характер. И не удивительно - их авторам были недоступны исчезнувшие архивы колониальной инквизиции, а ведь только по ним можно было восстановить деятельность "священного" трибунала. Неизвестно, как долго его преступления оставались бы нераскрытыми, если бы не счастливый случай.
В 1883 г. после 17-летнего перерыва были восстановлены дипломатические отношения между Чили и Испанией. Секретарем чилийской миссии в Мадриде был назначен молодой и весьма плодовитый историк Хосе Торибио Медина (1852-1930), автор трехтомной истории колониальной литературы в Чили и других исследований.
