Научно объяснить существование ересей и преследовавшую их инквизицию можно только исходя из марксистского понимания истории. Ключ к объяснению этих явлений следует искать в классовой борьбе, раздиравшей феодальное общество, и в том положении, которое занимала в нем католическая церковь, окружавшая, по меткому выражению Ф. Энгельса, "феодальный строй ореолом божественной благодати". К. Маркс и Ф. Энгельс первыми вскрыли социальную подоплеку средневековых ересей. Ф. Энгельс показал, что "все выраженные в общей форме нападки на феодализм и прежде всего нападки на церковь, все революционные - социальные и политические - доктрины должны были по преимуществу представлять из себя одновременно и богословские ереси".
В период разложения феодального строя "священные" трибуналы, как отметил К. Маркс в отношении испанской инквизиции, становятся в руках абсолютистской власти мощным инструментом подавления ее противников. С начала XVI в. Испания и Португалия используют инквизицию в целях колониального порабощения народов Америки и Азии, в период Возрождения инквизиция ведет борьбу против гуманистического и рационалистического мировоззрения; в XVIII в. она объявляет войну просветителям и философам-материалистам, а в XIX в.- патриотам, выступающим за независимость колоний, борцам за объединение Италии, за демократические реформы в Испании; папская же конгрегация инквизиции выступает против зарождающегося рабочего движения, социализма; предает анафеме революцию 1848 г. и Парижскую коммуну; наконец в XX в. ее главный враг - коммунизм, Советский Союз, страны социалистического лагеря.
Таким образом, инквизиция в течение своей многовековой истории служила феодализму и абсолютизму, колониализму и капитализму. Если в средние века деятельность инквизиции была связана с застенками, пытками, аутодафе, то в новое и новейшее время, когда она была лишена ее палаческих функций, инквизиция действует более утонченными методами, ее оружием становятся анафемы, отлучения, Индекс запрещенных книг, куда заносились произведения многих выдающихся прогрессивных ученых и мыслителей.
В. И. Ленин отметил, что "все и всякие угнетающие классы нуждаются для охраны своего господства в двух социальных функциях: в функции палача и в функции попа". Церковь через инквизицию совмещала в себе обе эти функции до тех пор, пока буржуазия не лишила ее вместе с земельными угодьями функции палача, оставив ей только обязанности попа.
