Престиж университета огромен. Он объясняется не только числом студентов и преподавателей, но и всех оканчивавших его магистров, которые занимают первостепенные должности по всей Франции и за ее пределами, сохраняя тесные связи с университетом.
В то же время он связан и с папским престолом. К тому же все авиньонские папы — французы, они явно покровительствуют университету, привязывают его к себе щедрыми дарами. Каждый год в Авиньонский дворец отправляется rotulus nominandorum, свиток с именами мэтров, для которых университет милостиво просит папу о кормлении или церковном бенефиции. Если он был старшей дочерью Короля, то он был также первой школой Церкви и играл роль международного арбитра в богословских вопросах.
Схизма поколебала это равновесие. Поначалу университет встал на сторону Авиньонского папы, но затем, устав от все растущего лихоимства папы, заботясь о восстановлении единства церкви, университет оставляет решение за королем Франции, а сам неустанно призывает к соборному воссоединению, чтобы положить конец расколу путем отречения соперничающих первосвященников. Одновременно университет отстаивает верховенство Собора над папой, относительную независимость национальной церкви от Святого престола, т. е. галликанство. Но если первое требование подняло престиж университета в христианском мире, то второе привело к охлаждению в отношениях с папством и к растущему влиянию на него монархии.
Казалось, был достигнут полный успех. Собор в Констанце, где университет сыграл роль лидера, освящает этот триумф. Кстати, на нем заметны любопытные позиции части университетских мэтров. Как это показал Э. Ф. Джекоб [9], английские мэтры неожиданно встают здесь на сторону папства по вопросу о вручении бенефициев. Они думают о собственных интересах, а их лучше обслуживала эта сторона.
Но Базельский Собор, на котором мэтры играли лишь незначительную роль, заканчивается полной победой папства. Тем временем разыгрывается уже сугубо французский кризис, который сильно подорвал позиции Парижского университета.
К прочим неприятностям правления Карла VI добавляется восстание кабошьенов в Париже, а затем, при разделе страны между англичанами и французами, Париж становится столицей английского короля. Конечно, университет не сразу перешел на сторону бургундцев, да и перешедшие составляли лишь его часть. Герцог опирался на нищенствующие ордена, с которыми университет традиционно не ладил. Университет осудил и подверг преследованию Жана Пти, апологета убийства герцога Орлеанского. В момент взятия города англичанами многие мэтры покинули Париж, находились в окружении дофина и составляли административный костяк его королевства в Бурже либо обживали новый университет в Пуатье.
