Из этих столкновений самыми острыми и самыми типичными были те, что имели место в Париже между 1252 и 1259 гг. Своей вершины они достигли в связи с делом Гийомаде Сен-Амур. Дело это сложное и поучительное.
В нем принимали участие пять сторон: нищенствующие ордена и их парижские мэтры, большинство университетских мэтров-клириков, папский престол, король Франции, студенты.
Борьба разыгралась с особой силой, когда принадлежавший к белому духовенству мэтр Гийом де Сен-Амур опубликовал трактат Угрозы Новых времен, где он жестоко нападает на нищенствующих братьев. Он был осужден папой и изгнан из университета, несмотря на сильное сопротивление некоторой его части, высказавшейся в защиту мэтра.
Поначалу, с 1252 по 1254 гг., жалобы клириков имели почти исключительно корпоративный характер. Они обвиняли нищенствующих в том, что те нарушали университетские статуты, получали степени по теологии и преподавали ее, не получив ранее звания магистра искусств. Монахи вырвали у папы в 1250 г. возможность получать лицензию из рук канцлера Нотр-Дам, минуя богословский факультет. Они желали занимать по две кафедры (и действительно их занимали), тогда как статуты дозволяли иметь лишь одну (из четырех). К тому же они порывали с солидарностью университетской корпорации, продолжая читать курсы лекций, когда университет объявлял забастовку. Так было в 1229-1231 гг., а затем снова в 1253 г., хотя право на такую забастовку признавалось папским престолом и было записано в уставах. Кроме того, добавляли мэтры-клирики, монахи не являются настоящими членами университета, они нелояльны, они составляют университету конкуренцию. Ловят в свои сети студентов и обращают многих из них в монахи; живут на милостыню, а потому не требуют оплаты своих курсов; их не интересуют материальные требования университетских преподавателей.
Таковы подлинные жалобы. В них они далеко заходят, жалобы говорят сами за себя. Преподаватели очень скоро осознали несовместимость двойной принадлежности — к монашескому ордену (пусть в новом обличий) и к корпорации, будь она даже изначально церковной.
Интеллектуалы, не получившие нормальной базовой подготовки на факультете свободных искусств, для которых не существовало материальных проблем и ничего не значило право на забастовку, — уже не настоящие интеллектуалы. Это и не труженики науки, поскольку они не живут собственным педагогическим трудом.
Папа Иннокентий III отчасти согласился с этими аргументами; он обратил внимание на нарушения университетских статутов нищенствующими и предписал им следовать этим уставам 4 июля 1254 г. Затем, 20 ноября того же года, он урезал привилегии этих двух орденов в булле Etsi animarum.
