Многие мэтры и студенты средневековья были мирянами. Однако они участвовали в распределении церковных бенефициев и тем самым только усугубляли один из величайших пороков средневековой церкви и старого порядка: раздачу доходов от церковных бенефициев мирянам. К тому же очень скоро выяснилась недостаточность института предоставления бенефиция отдельному мэтру школьным центром. Мэтры и учащиеся стали получать обычные бенефиции, а это усугубило другой бич церкви: существование пастырей без постоянного места.
Наконец, позиция церкви увеличила число проблем у тех, кто искал образования, далекого от церковной деятельности, а именно, в области гражданского права и медицины. Эти люди были обречены на ложное положение во многих ситуациях. Популярность юридического образования не уменьшалась, но оно постоянно подвергалось нападкам выдающихся представителей церкви. Роджер Бэкон заявлял: В гражданском праве все имеет светский характер. Обратиться к столь грубому искусству, — значит покинуть церковь. Поскольку официально об этом в университете не могли даже заикаться, то вся совокупность дисциплин, развития которых требовала техническая, экономическая и социальная эволюция общества и которые были лишены непосредственного религиозного характера, оказались на целые столетия парализованы.
Спор черного и белого духовенства
Тяжкий кризис, потрясавший университеты XIII — начала XIV вв., выявил двусмысленность положения интеллектуалов и недовольство многих из них. Это был спор монахов и клириков, жесткая оппозиция белого духовенства растущему числу мэтров, принадлежавших новым нищенствующим орденам.
Действительно, с самого возникновения их ордена доминиканцы стремились проникнуть в университеты. Это было даже целью их основателя — проповедь и борьба с ересями, что требовало от монахов вооруженности серьезным интеллектуальным багажом. Вскоре в университеты явились и францисканцы, число коих росло по мере отхода, по крайней мере частичного, от позиций св. Франциска, который, как известно, был враждебно настроен к науке, считая ее препятствием к нестяжательству, чистоте и братству с простым людом. Поначалу монахов хорошо принимали. В 1220 г. папа Гонорий III поблагодарил Парижский университет за радушный прием доминиканцев. Но затем последовали жестокие стычки. В этом университете они были как никогда бурными между 1252 и 1290 гг., в особенности в 1252-1259, 1265-1271 и 1282-1290 гг. В Оксфорде подобные стычки происходили несколько позже, между 1303 и 1320 гг., а затем в 1350 — 1360 гг.
