Находившийся в Гибралтаре усталый и больной Сент-Винцент сконцентрировал в Порт-Магоне на Менорке корабли Кейта и Дакворта под своим командованием. Вскоре прибыли подкрепления из Англии. Было дано знать Нельсону, пребывавшему на Сицилии, что испанский и французский флоты появились в Средиземном море.
Нельсон собрал свои корабли. В его распоряжении оказалось 16 линейных кораблей, из них 3 португальских, о боевых качествах которых контр-адмирал отзывался весьма скептически. Английские адмиралы решили, что франко-испанский флот пойдет в Египет, и поэтому Нельсон вывел свои суда на параллель маленького острова Маритимо, находящегося западнее Сицилии. Тем самым узкий проход из западной части Средиземного моря в восточную был перекрыт.
Противник, однако, не пошел к Египту. Испанцев серьезно потрепал шторм, и они укрылись в Картахене. Брюи же двинулся из Картахены к Генуе и доставил оборонявшемуся там корпусу Моро караван торговых судов с хлебом. А в это время Нельсон напрасно поджидал Брюи у Маритимо. Адмирал Кейт, достигший Тулона, там противника не обнаружил. Французский адмирал теперь был озабочен лишь тем, чтобы вывести из Картахены испанские корабли и благополучно прибыть в Брест, где испанские суда явились бы как бы залогом не очень прочного франко-испанского союза. Пока английские адмиралы в поисках противника бросались наугад из стороны в сторону, Брюи вывел объединенный флот из Картахены в Атлантический океан. Кейт погнался за ним, но безуспешно. 13 июля 1799 года соединенный испано-французский флот укрылся в Бресте. Обстановка на Средиземном море разрядилась в пользу англичан, и Нельсон вернулся в Палермо.
Нельзя сказать, что он не замечал того, что происходило при королевском дворе. Нельсон писал в то время: «Что касается политики, то она вызывает у меня отвращение. Эти министры короля и князья – величайшие негодяи, каких когда-либо видел свет». И, тем не менее, все помыслы Нельсона были направлены на то, чтобы восстановить власть этой клики в неаполитанской части Королевства обеих Сицилий.
Большим ударом для него было полученное в июне известие о том, что адмирал Сент-Винцент по состоянию здоровья покидает пост главнокомандующего эскадрами Средиземного моря. Нельсон пишет старому адмиралу пламенные письма, убеждая его остаться. Вместе с тем он надеется, что все-таки преемником Сент-Винцента сделают его, Нельсона, боевого контр-адмирала, героя Абукира, слава которого гремит по всей Европе. Но… 23 июня Сент-Винцент отбыл в Англию, а главнокомандующим был назначен Кейт. Самолюбие Нельсона было уязвлено, и он проникся тяжкой ненавистью к новому главнокомандующему.
