По мере развертывания весной 1799 года военных действий русских и австрийцев против Франции увеличилась дипломатическая и военная активность в районе Средиземного моря.
Мальта восстала против господства Франции. Англичане поддержали восстание, снабдив мальтийцев оружием. Французский гарнизон был блокирован в крепости Ла-Валлетта, а военные корабли оказались запертыми в гавани. Английские корабли и сухопутные силы атаковали и заняли испанский остров Менорку – один из двух основных Балеарских островов, принадлежавших союзнице Франции – Испании. Менорка расположена в центре западной части Средиземного моря и является важным стратегическим пунктом, откуда теперь англичане угрожали средиземноморским портам Испании и Франции. В Египте была прочно заблокирована армия Бонапарта, спасти которую, то есть вернуть ее во Францию, вряд ли бы смог даже объединенный флот Франции и Испании.
Английское правительство понимало, что, несмотря на сокрушительное поражение, которое потерпели французы при Абукире, борьба между Францией и Англией за господство на морях продолжается. Предстояли новые схватки, и в Англии готовились к ним со всей возможной энергией. Пострадавшие в бою корабли были отремонтированы и приведены в боевую готовность. Кроме того, строились новые суда. В начале 1799 года Англия имела 105 линейных кораблей и 469 судов меньших размеров. Флот располагался вокруг европейского побережья таким образом, чтобы блокировать флоты Франции и Испании и чтобы в случае необходимости одна эскадра могла оказать помощь другой. Адмирал Дункан вместе с русским адмиралом Макаровым действовал на Балтике и в Северном море. Лорд Бриджпорт караулил французский флот в Бресте Английские корабли стояли и против Кадиса, сковывая испанский флот.
Французы решили попытаться использовать свой и испанский флоты, чтобы изменить положение на Средиземном море в свою пользу. В мае 1799 года французская эскадра под командованием адмирала Брюи покинула Брест. Английские корабли упустили ее. Это было лишним свидетельством ненадежности английской блокады. Брюи, миновав Гибралтар, с эскадрою из 25 кораблей вошел в Средиземное море. Английским командирам нужно было принимать срочные меры в связи с изменившейся ситуацией, но какие? Опять предстояло ответить на вопрос мучительный и трудный – куда ринется французская эскадра? Английский адмирал Кейт, блокировавший Кадис, пустился вслед за нею, и испанский флот – 17 кораблей – беспрепятственно вошел в Средиземное море.
