Воспитанный в этой школе как мужественный боец за имя божие, как деятельное орудие церкви, он оставил Баварию после пятилетнего пребывания там и вступил во владение своей вотчиной. Чины Крайны, Каринтии и Штирии, потребовавшие, чтобы эрцгерцог до принесения ими присяги подтвердил их религиозную свободу, получили ответ, что религиозная свобода не имеет ничего общего с присягой. Присяга была потребована эрцгерцогом безоговорочно, так она и была принесена чинами. Прошло несколько лет, прежде чем созрело для выполнения дело, задуманное в Ингольштадте. Взявшись за осуществление этого замысла, Фердинанд лично отправился в Лоретто испросить у святой девы её покровительство и у ног Климента VIII в Риме — апостольское благословение.
Начинание и впрямь было нешуточное: оно заключалось в том, чтобы вытеснить протестантизм из страны, где за него стояло большинство и где он был узаконен формальным актом о веротерпимости, который отец Фердинанда даровал дворянскому и рыцарскому сословию этих стран. Невозможно было, не подвергая себя опасности, отнять столь торжественно данное разрешение, но и никакая трудность не пугала набожного питомца иезуитов. Оправданием этому насилию должны были служить, во-первых, пример остальных католических и протестантских владетелей, беспрепятственно осуществивших в своих землях реформационное право, и, во-вторых, то обстоятельство, что штирийские чины злоупотребляли своей религиозной свободой. Опираясь на нелепый действующий закон, считали возможным грубо нарушить закон разума и справедливости. Нужно сказать, что в этом неправедном деле Фердинанд проявил изумительное мужество и похвальную стойкость: без шума и — надо прибавить — без жестокости он уничтожал протестантское богослужение в одном городе за другим, и, к изумлению всей Германии, это опасное дело было закончено в несколько лет.
Но меж тем как католики с восторгом приветствовали в нём героя и паладина своей церкви, протестанты начали готовиться к борьбе против него, как против своего опаснейшего врага. Однако ходатайство Матвея — передать права преемства Фердинанду — не встретило в государствах Австрии, пользовавшихся правом избрания, никакого или весьма малое противодействие, и даже чехи короновали его как своего будущего короля на весьма приемлемых условиях. Лишь позже, когда они узнали о дурном влиянии его советов на действия императора, они начали обнаруживать беспокойство, а различные собственноручные его документы, но злому умыслу попавшие к ним и с достаточной ясностью свидетельствовавшие о его истинных намерениях, усилили их страх до чрезвычайности. Особенное негодование возбудил тайный семейный договор с Испанией, по которому Фердинанд передавал испанской короне, в случае отсутствия у него наследников мужского пола, королевство Чешское, не справляясь с голосом нации, не считаясь с тем, что носитель её короны должен быть её избранником. Многочисленные враги, которых Фердинанд нажил себе среди протестантов своими религиозными реформами в Штирии, оказали ему в Чехии весьма дурную услугу; особенно деятельно разжигали пламя восстания бежавшие туда штирийские эмигранты, принёсшие в своё новое отечество сердца, исполненные мести. В таком неблагоприятном расположении духа застал король Фердинанд чешской народ, когда император Матвей уступил ему место.
