О том, что оппозиция могла быть причастна или по меньшей мере заинтересована в этом убийстве, свидетельствовало то, что Троцкий расценил «убийство Кирова, умного и безжалостного ленинградского диктатора», как признак кризиса власти Сталина. В «Бюллетене оппозиции» Троцкий философствовал: «Как и в царское время, политические убийства являются безошибочным симптомом грозовой атмосферы и предсказывают начало открытого политического кризиса».
Еще в ходе следствия в Ленинграде Сталину показали записку о деятельности зиновьевской группы, подготовленную работниками НКВД в середине 1934 года. Авторы записки просили у Кирова дать им санкцию на арест членов группы, но Киров ответил им отказом. Теперь членов этой группы арестовали по обвинению в подготовке антиправительственного заговора. Выбор зиновьевцев в качестве основной мишени вряд ли был случайным. Как бывший сторонник Бухарина Ягода был давним противником Зиновьева и Каменева. Он имел основание и лично ненавидеть Каменева. Известно, что Каменев распространял запись своей беседы с Бухариным 1928 года, из которой следовало, что Ягода является надежным сторонником Бухарина.
На основе данных следствия вместе с Николаевым судили членов так называемого «ленинградского центра» зиновьевцев во главе с бывшим секретарем Выборгского райкома ВЛКСМ И.И. Котолыновым. Все подсудимые были приговорены к смертной казни за участие в террористическом заговоре с целью уничтожить руководителей партии. Приговор был приведен в исполнение 29 декабря. Позже по делу «ленинградской контрреволюционной зиновьевской группы Сафарова, Залуцкого и других» было привлечено 77 человек, в том числе 65 членов ВКП(б).
Однако состоявшийся 15—16 января 1935 года в Ленинграде процесс по делу «московского центра» зиновьевцев не увенчался столь же суровым приговором, как в отношении Николаева и его подельников, несмотря на то, что во время процесса по всей стране проходили митинги, на которых выдвигались требования о расстреле обвиняемых. Зиновьев был приговорен к 10 годам заключения, Каменев – к5. Приговор гласил: «Судебное следствие не установило фактов, которые давали бы основание квалифицировать преступления зиновьевцев как подстрекательство к убийству С.М. Кирова». Приговор соответствовал оценке Сталина роли Зиновьева и Каменева, изложенной в написанном им «закрытом письме ЦК ВКП(б)»от 18 января 1935 года – «Уроки событий, связанных со злодейским убийством тов. Кирова».
