Однако через несколько дней из Санкт-Петербурга последовало новое высочайшее распоряжение, отменявшее ранее данное распоряжение на мобилизацию и введение военного положения. Император Николай II и его министры опять-таки опасались, что такие действия российской стороны ускорят войну с Японией.
Придавая большое значение своевременному развертыванию части сил русской армии, адмирал Е.И. Алексеев 4 января 1904 года вновь обратился к государю за разрешением занять хотя бы небольшими заградительными отрядами некоторые пограничные с Кореей пункты. 9 января такое разрешение пришло, и воинские части, намеченные для этой цели, стали готовиться к выдвижению на рубеж пограничной реки Ялу.
7 января последовал приказ готовиться к переводу на военное положение крепостей Порт-Артур и Владивосток. Одновременно были разработаны и введены в действие приказом адмирала Е.И. Алексеева инструкции по охране кораблей Тихоокеанской эскадры на внешнем порт-артурском рейде. Русские миноносцы впервые вышли в Желтое море для несения дозорной службы.
20 января царский наместник вновь запросил у правительства разрешения объявить мобилизацию войск Дальнего Востока и Сибири и дать указание об использовании флота в случае высадки японцев в Корее. При этом он высказал свое мнение о целесообразности использования морских сил для противодействия высадке японской армии в порту Чемульпо. Высочайшее разрешение на мобилизацию и инструкции об использовании Тихоокеанской эскадры пришли в Порт-Артур 27 января, уже после начала войны.
Сперва была объявлена мобилизация войск дальневосточного наместничества, затем Сибирского военного округа (4-го армейского Сибирского округа), а в начале февраля 1904 года – запасных Вятского и Пермского уездов. Мобилизация проходила без каких-либо осложнений, если не считать громадности расстояний для доставки призванных в армию запасников. Гораздо проще обстояло дело с мобилизацией Забайкальского, Амурского, Уссурийского, Сибирского, части Оренбургского и Уральского казачьих войск – казачьи полки привычно собирались и выступали на войну в считанные дни.
Большой ошибкой российского руководства было запоздалое назначение высшего командования русскими сухопутными и морскими силами на Дальнем Востоке. Если главнокомандующий маршал Ивао Ояма, командующие японскими армиями, намеченными для высадки на материке, и действующим флотом назначались микадо за несколько месяцев до начала войны, то в Санкт-Петербурге решились на такой шаг только после начала боевых действий. Командующий русской Маньчжурской армией генерал от инфантерии А.Н. Куропаткин и командующий флотом Тихого океана вице-адмирал С.О. Макаров получили свои назначения после прихода в столицу вести о нападении японцев на русские корабли в Порт-Артуре и Чемульпо.
