Разведка в Японии затруднялась и спецификой этой страны. Военный агент в Европе, помимо негласных источников, мог почерпнуть нужную информацию из прессы и военной литературы, а в Китае продажные сановники чуть ли не сами предлагали свои шпионские услуги. В Стране восходящего солнца все официальные издания, доступные иностранцам, содержали лишь тонко подобранную дезинформацию, а императорские чиновники были спаяны железной дисциплиной и фанатичной преданностью божественному микадо.
С древних времен японцы с большим вниманием относились к искусству военного шпионажа и бдительно следили за всеми иностранными атташе, что вносило в их работу еще больше трудностей. Военным агентом в Японии в 1898 году был назначен полковник Б.П. Ванновский. Сын военного министра, он окончил Пажеский корпус – самое привилегированное военно-учебное заведение, служил в конной артиллерии, с отличием окончил академию Генерального штаба. В Японию его назначили вместо генерал-майора Янжула, попросившего полугодовой отпуск по семейным обстоятельствам. Но получилось так, что временное назначение перешло в постоянное и Ванновский остался военным агентом вплоть до 1903 года Ванновский пробыл в Японии почти весь предвоенный период. Из-за отсутствия сети агентуры и незнания японского языка военный агент России видел лишь то, что японцы хотели показать. Ко всему прочему Ванновский, несмотря на добросовестность, был абсолютно некомпетентен в вопросах «тайной войны». В Главном штабе стали замечать, что из Японии, с которой Россия находилась уже на грани войны, поступает очень мало разведывательных донесений, притом с информацией, не представляющей стратегического интереса. Только тогда генерал-квартирмейстер Главного штаба принял решение о замене военного агента в Токио.
Преемник Ванновского, полковник В.К. Самойлов, обладавший незаурядными качествами разведчика, в рапорте от 24 мая 1903 года сообщал в Главный штаб: «Все, что касается численного состава армии в Японии, составляет большой секрет, и достать какие-либо сведения можно только случайно. Сведения же, сообщаемые мне иностранными военными агентами, хотя и разнящиеся от наших, не могут считаться достоверными».
Полковник В.К. Самойлов сумел наладить сбор разведывательной информации среди дипломатического корпуса, аккредитованного в Японии, прежде всего иностранных военных атташе. Самойлов сумел уловить интенсивный характер подготовки империи на Японских островах к войне с Россией. Так, в рапорте от 27 ноября 1903 года, среди прочего, говорилось:
