Первоначально особый отдел, т. е. военную контрразведку, возглавлял В. Бочков — выпускник военной академии имени Фрунзе, пришедший по партийному набору. Он обладал довольно широким военным кругозором. В 1940 году он неожиданно был выдвинут на должность Генерального прокурора. Дело в том, что М. Панкратьев, сменив Вышинского, обвинил Берию в прекращении дел против «врагов народа», в освобождении лиц, по которым прокурор не усматривал оснований прекращения уголовного преследования. Было создано две комиссии по этим вопросам. Почему две? Панкратьев писал на Берию заявления дважды. Одно заявление было написано в 1939 году, сразу как Панкратьев стал Генеральным прокурором. По этому заявлению работала комиссия, которая не нашла злоупотреблений служебным положением и халатности по прекращенным делам. В 1940 году Панкратьев вновь написал заявление, в котором утверждал, что опять прекращаются дела, возбужденные в отношении врагов народа, и их прекращение, на его взгляд, является необоснованным, недостаточно согласованным с прокуратурой. Вторая комиссия также осуществила проверку и снова не нашла подтверждений. После этого Панкратьев был снят с должности Генерального прокурора, а на его должность был выдвинут Бочков, юридически совершенно неподготовленный человек, окончивший военную академию. Но тем не менее считалось, что он может провести в жизнь все необходимые директивы по правоохранительной деятельности.
С обстоятельствами отставки В. Бочкова с поста Генерального прокурора связаны трагические события, а именно убийство дочери посла СССР в Мексике К. Уманского и самоубийство сына министра авиационной промышленности Шахурина. Было возбуждено уголовное дело. Следствие по нему вел лично заместитель наркома ГБ Б. Кобулов и начальник секретно-политического управления, предшественника идеологической контрразведки КГБ, Н. Сазыкин. Бочков стремился замять его. Но Сталин приказал дать ему ход и рассматривать его как пример бытового разложения членов семей советского руководства. Дело быстро приняло политическую подоплеку. В него оказались втянутыми дети других ответственных работников, в частности члена Политбюро А. Микояна. Семьи Микояна, Шахурина и других наркомов жили в атмосфере постоянного напряжения и страха. Дети ответственных работников, принадлежавшие к «золотой молодежи» того времени, были осуждены за незаконное хранение и использование чужого огнестрельного оружия. Пытавшийся замять это дело Бочков был снят с должности Генерального прокурора и вернулся на службу в конвойные войска.
