В конце 1480-х годов наместником в Новгород был назначен боярин Яков Захарьин-Кошкин. Он обвинил в измене разом весь Новгород. Грандиозный процесс, организованный им, был последним, так как судить больше было некого. Древнее новгородское боярство было искоренено. Одних изменников наместник Яков Захарьин «пересече и перевешал», остальных отправил под стражей в Москву. По словам современников, конфликт возник на почве злоупотреблений и лихоимства властей. Наместник Захарьин не церемонился с опальным городом, облагал жителей штрафами, ставил на правеж. Обиженные и ограбленные новгородцы искали защиты у Ивана III. В свою очередь Захарьин обвинил своих обличителей в государственной измене " покушении на жизнь наместника. Иван III и его дума приняли версию Захарьина. Подлинной причиной экстраординарных мер Москвы было то, что «республиканские» порядки Новгорода были живучими. Даже после московского завоевания народ повиновался прежним правителям-боярам и не проявлял уважения к московским наместникам. Чтобы покончить со старыми порядками, Москва экспроприировала всех новгородских землевладельцев. Летописи Москвы и КириллоБелозерского монастыря сохранили записи о том, что в 1488 " 1489 гг. Иван III свел из Новгорода Великого «тысячу голов» бояр и гостей. Писцовые книги Новгорода конца XV в. подтверждают достоверность этой цифры. В книгах упоминаются имения по крайней мере 1045 старых новгородских землевладельцев, лишившихся вотчин в основном в 1488 " 1489 гг. Противники Москвы были уничтожены в первые годы после завоевания Новгорода. Немногие из них уцелели до 1488 г. Всей тяжестью новые репрессии обрушились на людей, лояльных по отношению к Москве. Иван III не пощадил промосковскую партию Новгорода, вожди которой помогли ему подчинить Новгород. Сторонников Москвы отправили в ссылку заодно с противниками. По авторитетному свидетельству ростовской летописи, всего из Новгорода на Москву привели «боле седми тысячи житьих людей». Очевидно, бояр и житьих людей изгнали из города вместе с чадами и домочадцами. Помимо бояр, житьих людей и купцов, принадлежавших к слою землевладельцев, в московский плен отправились многие богатые и зажиточные горожане и ремесленники, не владевшие никакими землями. Лишь считанные единицы из ссыльных новгородцев получили землю в московских уездах и превратились в московских служилых людей.
Сословие новгородских землевладельцев сложилось исторически. На протяжении веков это сословие обеспечивало политическое руководство «республикой» и ее экономическое процветание в неблагоприятных условиях русского севера. Экспроприация всех новгородских землевладельцев доказывала, что речь шла не об объединении Новгорода с Москвой, а о жестоком завоевании, сопровождавшемся разрушением всего традиционного строя общества. Конфискованные земли перешли в собственность государства, что необычайно усилило власть и могущество московской династии. Насилие над Новгородом заложило фундамент будущей империи России и стало поворотным пунктом в развитии ее политической культуры.
