Оказавшись между молотом и наковальней, посадники пытались достичь соглашения с московскими боярами. Последние заверили послов, что Иван III не будет высылать новгородцев «на Низ», не будет «вступаться» (конфисковать) в их земли. Заверения положили конец колебаниям правителей республиканского Новгорода. Стремясь получить гарантии неприкосновенности своих имуществ, бояре просили, чтобы монарх лично подтвердил соглашение и принес клятву на кресте. Но им грубо отказали в этом.
Видя «неустроение» и «великий мятеж» в городе, князь В. Гребенка-Шуйский сложил крестное целование Новгороду и перешел на службу к Ивану III. Лишившись военного предводителя, новгородцы окончательно уступили всем требованиям московских властей.
15 января 1478 г. Патрикеев с другими боярами въехал в Новгород и привел -к присяге жителей. Вече в городе более не созывалось. Наиболее важные документы из архива Новгорода, а также вечевой колокол были увезены в Москву, выборные должности, вечевые порядки, древний суд упразднены. Новгородская «республика», просуществовавшая несколько веков, пала. Автор московского свода 1497 г. не скрыл своего удивления по поводу неслыханного нарушения «правды» и старины в Новгороде. "А как и стал Новгород " Русская земля, " записал он, « таково позволенье на них не бывало ни от которого великого князя, да ни от иного ни от кого». Иван III обязался «не вступаться» в вотчины новгородцев, но очень скоро нарушил свои обязательства. Уже в феврале 1478 г. он приказал арестовать вдову Марфу Борецкую с внуком Василием и нескольких других лиц, возглавлявших пролитовскую партию. Под стражу был взят также архиепископский наместник. Всех арестованных Иван III приказал отправить в Москву, а "животы их (вотчины и прочее имущество. « Р.С.) велел отписать на себя».
Арест архиепископа Феофила в 1480 г. развязал руки московским властям. Посадник Василий Александрович Казимир, его брат Яков Александрович Короб, Лука Федоров и Михаил Берденев принесли присягу государю и были приняты на московскую службу. Однако в 1481 г. они подверглись аресту и в опале лишились всех своих земель. Зимой 1483 " 1484 гг. гонения на бояр приобрели еще более широкий размах. В Москву поступил донос «на новгородци от самих же новгородцев» по поводу нового заговора бояр и их «ссылки» с Литвой. Иван III был встревожен и направил в Новгород воинскую «заставу ратную», которая стояла там четыре месяца. Главной фигурой открывшегося «заговора» был посадник Иван Кузьмич Савелков, тридцать других бояр и житьих людей. Неизвестно, кто из них тайно сносился с Литвой. Одно несомненно. По делу о заговоре аресту подверглись крупнейшие землевладельцы Новгорода.
