Впоследствии Центральный штаб претерпевал всевозможные изменения: был расформирован, снова воссоздан и только 13 января 1944 года окончательно упразднен. Руководство партизанами передали республиканским штабам. Пономаренко возглавил самый крупный из них – Белорусский. Освобождение советской территории шло безостановочно, и местным штабам было сподручнее координировать взаимодействие партизан и частей Красной Армии, а также снабжать первых всем необходимым. Это, однако, не предотвратило крупные поражения партизанских отрядов Белоруссии практически накануне изгнания врага из республики.
В Прибалтике и Бессарабии массового просоветского партизанского движения так и не возникло. На Украине же с освобождением Левобережья Днепра оно по сути прекратилось и свелось к рейдам крупных партизанских соединений С. А. Ковпака, М. И. Наумова, А. Н. Сабурова и других в западно-украинские Карпаты. Фактически эти соединения правильнее было бы называть войсками специального назначения типа немецкой дивизии «Бранденбург», в которую был развернут одноименный полк. Они занимались диверсионной и в меньшей мере разведывательной деятельностью, атаковали неприятельские гарнизоны, захватывали склады, разрушали железные дороги и мосты. Однако им приходилось действовать среди по преимуществу враждебного местного населения и вести бои не только с немцами и их пособниками, но и с отрядами УНА и польской Армии Крайовой.
Сталин и Пономаренко вплоть до конца войны заблуждались относительно того, что партизанские отряды способны воевать главным образом с помощью оружия и боеприпасов, захваченных у врага. 18 августа 1942 года Пантелеймон Кондратьевич направил специальную директиву фронтовым штабам партизанского движения:
«Во-первых, партизанские отряды должны, и имеют к этому все возможности, обеспечить себя за счет противника. Партизаны, если у них нет в достаточном количестве оружия, боеприпасов и другого снаряжения, должны добыть все это в бою… Нельзя приучать отряды требовать и полагаться на снабжение только из центра и поощрять этим беззаботность в отрядах.
Во-вторых, фронтовые штабы, представляя заявки в Центральный штаб, упускают из виду, что все вооружение, боеприпасы, снаряжение и др. отпускаются для действующих фронтов и армий и… снабжение должно идти через них, а они, в свою очередь, вправе и должны предъявлять соответствующие заявки… для нужд партизанского движения. Доставка в отряды грузов самолетами также может во многом быть разрешена силами фронтов.
