Уже после войны в письме, опубликованном в первом номере «Военно-исторического журнала» за 1962 год, П. К. Пономаренко сокрушался: «Ошибочные и неправильные установки Сталина, что при нападении на нас мы будем воевать только на чужой территории, привели к тому, что вся работа по обобщению опыта партизанской войны в прошлом, по разработке соответствующих мобилизационных документов была свернута. Это усугубило трудности организации партизанского движения в начальный период войны. Партии дорогой ценой пришлось исправлять ошибки, допущенные Сталиным».
В результате стихийно возникавшие из окруженцев и местных сторонников советской власти партизанские отряды оказались без запасов продовольствия и вооружения. Им недоставало и кадров, имевших опыт борьбы в тылу врага. Многие специалисты по партизанскому движению, напомню, погибли в ходе репрессий 1937—1938 годов.
Как уже говорилось, в первые месяцы войны значительная часть населения видела в немцах освободителей от большевиков. Оставшиеся во вражеском тылу отряды красноармейцев, которым посчастливилось избежать плена, испытывали острую нужду в боеприпасах и продовольствии и не успели еще установить связь с Москвой. Но уже к зиме 1941/42-го засланные из-за линии фронта специальные небольшие партизанские группы и авторитетные командиры и комиссары сумели сколотить первые отряды, причинявшие немцам немалое беспокойство. Да и разочаровавшиеся в оккупантах местные жители стали помогать партизанам, пополняя их ряды или добровольно снабжая продовольствием и теплой одеждой. Поражение немецких войск под Москвой способствовало развитию партизанского движения. Многим стало казаться, что немцы скоро покатятся назад к границе под мощными ударами советских войск.
Москва сразу же постаралась поставить партизанское движение под свой контроль. Сначала им руководили Военные советы соответствующих фронтов и находившиеся при них представители НКВД, а также компартии союзных республик и подпольные обкомы оккупированных областей РСФСР. 30 мая 1942 года при Ставке Верховного Главнокомандования был создан Центральный штаб партизанского движения во главе с первым секретарем Компартии Белоруссии П. К. Пономаренко. К тому времени выяснилось, что партизанские отряды могут получать оружие, боеприпасы, а порой и продовольствие преимущественно по воздуху. Центральный штаб в этом отношении располагал значительно большими возможностями, чем командование отдельных фронтов, – он мог привлекать транспортную и авиацию дальнего действия. Кроме того, в сентябре 1942 года главнокомандующим партизанским движением был назначен Климент Ефремович Ворошилов, которому подчинялся Центральный штаб партизанского движения. Однако очень скоро выяснилось, что аппарат главнокомандующего и аппарат штаба дублировали друг друга, а Климент Ефремович превратился в еще одну промежуточную инстанцию между Центральным штабом партизанского движения и Ставкой. Поэтому уже в ноябре 1942-го его пост был упразднен.
