Когда ему исполнилось девять лет, его отдали в школу в Фаэнцу, надеясь на то, что жесткая дисциплина «салезских отцов» позволит добиться того, чего не удалось осуществить его родителям. Атеистически и антикатолически настроенный Алессандро протестовал против того, чтобы отдавать своего непослушного сына на попечение церкви, но понимая, что сам он не мог держать его под контролем, он отвез его туда — в повозке, запряженной ослом.
«Я не помню, чтобы я был особенно удручен расставанием с братом и сестрой, — писал позднее Бенито. — Ядвиге было всего три года, Арнальдо — семь лет. Но я был очень опечален тем, что мне приходилось расстаться с маленькой птичкой, которую я держал в клетке у окна. В день отъезда я поссорился с приятелем и попытался ударить его, но промахнулся и попал кулаком в стену, настолько сильно повредив пальцы, что пришлось отправляться в путь с забинтованной рукой. В момент отъезда я расплакался».
Бенито помнил, что едва они отъехали от Довиа, осел споткнулся и упал, а отец ворчал, сыпал проклятиями и бормотал, что это плохое предзнаменование. На улице стоял октябрь, с деревьев падали листья, ручьи наполнились водою и стремительно несли свои воды, виноградные листья становились из красных желтыми. Днем они прибыли в Фаэнцу, Алессандро постучал в тяжелую дверь школы, передал сына директору, затем нагнулся и поцеловал его на прощание с грубоватой нежностью. Когда дверь за ним закрылась, Бенито снова расплакался. Директор отвел его во двор, где играли другие дети, и мальчик молча наблюдал за ними, стоя одиноко в углу, всеми покинутый и злой.
Он ненавидел школу. Он ненавидел «отцов», особенно своего классного руководителя с его пронзительным смехом, который его пугал, ненавидел других ребят, и в первую очередь детей богатых, сидевших за отдельным столом и получавших лучшую еду. Он даже и не пытался работать. Однажды «отец» ударил его, он ответил ему и швырнул в него чернильницей. У него был только один друг, мальчик с таким крепким черепом, что он позволял Бенито ради забавы сильно ударять себя по голове кирпичом. Во время драки со старшим по возрасту мальчиком Бенито вытащил перочинный нож и пырнул своего противника, после чего директор решил, что ради интересов других учащихся он должен исключить из школы этого трудновоспитуемого ребенка, однако, поразмыслив, решил оставить до конца учебного года. Недовольный строгой дисциплиной, бесконечными проповедями, лекциями о грехе и разложении, он на первом же причастии признался в длинном перечне грехов, настоящих и мнимых. «Отцы» вздохнули с облегчением, когда он покинул школу, а один из них впоследствии говорил, что никогда не встречал такого трудного ученика. В следующей школе, где он учился, школе Джосуе Кардуччи в Форлимпополи, директором которой был брат поэта Вальфредо, Бенито был так же глубоко несчастлив и так же безнадежно труден для воспитателей. Во время драки с мальчиком, толкнувшим Бенито под руку, когда тот писал, Бенито потерял над собой контроль, вновь вытащил перочинный нож и ударил мальчика в живот. Вслед за этим вновь последовало исключение из школы.
