Дарий тем временем уже был в Ассирии, в нескольких переходах от македонской армии. Греческие наемники усиленно уговаривали его вернуться на просторные равнины Месопотамии, где персы могли вполне использовать свою конницу, но царь отверг их предложения и вступил в горную Киликию. Он занял Исс вскоре после того, как македонцы покинули его, и таким образом оказался в тылу у Александра. Когда Александру сообщили об этом, он сначала отказывался верить в такую удачу, а затем сказал, что Дарий теперь у него в руках (Курций Руф: 3; 7-8).
Македонцы ночью выступили навстречу персам. На рассвете войско вышло из горных теснин, и Александр развернул его широким фронтом. С одной стороны была гора, с другой — море. Горы были заняты персами, и это внушало Александру опасения за судьбу правого фланга. Он расположил здесь два полка — Кена и Пердикки. На левом крыле стояли полки Аминты, Птолемея и Мелеагра. Общее командование левым флангом было поручено Пармениону. Александр приказал ему не отходить от моря, чтобы всей армии не попасть в окружение варваров, которые рассчитывали благодаря своей численности обойти македонцев. Сам он расположился на правом фланге во главе фессалийской и македонской конницы. Пелопонесскую конницу он отправил на левый фланг к Пармениону. Лучники и легкая пехота заняли позиции перед фронтом войска.
Дарий построил свою армию на другом берегу Пинара. Против македонской фаланги он поставил 30 000 эллинских наемников, а по обоеим их сторонам 60 000 кар-даков (это были тоже гоплиты). Остальное множество легковооруженных и гоплитов бесполезно глубоким строем стояло за эллинами-наемниками и кардаками. Всего у царя было около 600 000 человек. Большую часть своей конницы Дарий расположил на правом крыле против Пармениона, так как здесь предполагал нанести решающий удар. Сам Дарий находился в середине всего строя.
Поняв, какая опасность угрожает Пармениону, Александр отослал ему всю фессалийскую конницу со своего фланга. Бой начался с того, что легкая пехота македонцев атаковала персов, засевших на горе, и легко отогнала их, заставив снизу бежать наверх. Затем македонцы перешли в наступление по всему фронту, в то время как персы ожидали их, стоя на своем берегу. Оказавшись на расстоянии полета стрелы, воины, окружавшие Александра, и сам Александр первыми бросились к реке, чтобы своим стремительным напором напугать персов и схватиться поскорее врукопашную. Случилось так, как и предполагал Александр. Как только дело дошло до рукопашной, левое крыло персидского войска обратилось в бегство; Александр и его воины одержали здесь блестящую победу.
