Фрадков был членом КПСС, по данным источников — до ее запрета в 1991 году.
С 19 октября 1992 года Фрадков — заместитель, а с 12 октября 1993 года — первый заместитель Министра внешних экономических связей Российской Федерации Петра Авена (два месяца перед его отставкой[30]) и Сергея Глазьева (с декабря 1992 года). На своем посту Фрадков курировал внешнеэкономические связи российских регионов.
В этот период Фрадков входил в различные межведомственные и правительственные комитеты и комиссии, в частности, являлся членом межведомственной комиссии по стимулированию промышленного экспорта (с 19 марта 1993 года), Продовольственной комиссии Правительства РФ (с 13 декабря 1993 года), межведомственной комиссии по защите государственных интересов, прав потребителей и отечественных товаропроизводителей в сфере производства и реализации алкогольной продукции (с 5 июня 1994 года), Межведомственной комиссии по анализу предложений о приостановлении действий (отмене) законов и иных нормативных актов РФ, не имеющих финансовой базы для реализации (с 18 января 1995 года).
С октября 1993 года, после назначения Олега Давыдова министром Фрадков стал первым заместителем министра внешних экономических связей РФ. С 28 января 1997 года по 2 февраля 1998 года он — член Правительственной комиссии Содружества независимых государств.
В 1997 году Фрадков готовился занять пост посла России в ЕС, однако 26 марта 1997 года был назначен и.о. Министра внешнеэкономических связей и торговли РФ, 16 апреля 1997 года стал Министром внешнеэкономических связей и торговли РФ.
С марта 1997 года Фрадков — председатель российской части межправительственной комиссии по торгово-экономическому сотрудничеству с США, Польшей, Финляндией и Францией.
20 августа 1997 года Указом Президента РФ Фрадков был введен в состав Координационного межведомственного совета по военно-техническому сотрудничеству РФ с иностранными государствами. С 19 сентября 1997 года по 24 декабря 1998 года — член Межведомственной комиссии Совета безопасности РФ по международной безопасности.
30 апреля 1998 года министерство было упразднено, а Фрадков был назначен председателем ликвидационной комиссии.
14 мая 1998 года на собрании акционеров Фрадков был избран председателем Совета директоров компании «Ингосстрах». Его кандидатуру в состав Совета была рекомендована государством, которое владело 8,5% акций компании. По слухам, определенную роль в его назначении сыграл
