Эта победа Цезаря обеспечила ему и следующую, свидетельницей которой, конечно, была Клеопатра. У входа в Александрийскую гавань высился Фаросский маяк, величайший в мире, который имел стратегическое значение. Как писал сам Цезарь, «из-за узости выхода из гавани корабли не могли войти в нее без согласия тех, кто держал маяк в своих руках». Поэтому он, пользуясь тем, что противник был занят наземными операциями, высадил десант и захватил Фаросский маяк, оставив там гарнизон. В результате он обеспечил себе возможность снабжения войск зерном и доставки подкреплений (см. Цезарь. Записки о гражданских войнах).
Боевые действия на суше не приносили ощутимого результата ни одной из сторон, так как улицы не обеспечивали свободы для маневра. Цезарь тем временем окружил дворцовый район укреплениями и велел соорудить форт у входа в гавань. Между тем во дворце также были враги. Арсиноя, единокровная сестра Клеопатры, терпеть не могла римлян и не хотела примириться с тем, что она все еще не в своей резиденции на Кипре. Арсиное удалось тайно бежать из дворца к Ахиллу, к великой радости последнего, как и всех врагов римлян. Она тут же была провозглашена египетской царицей, после чего начатую ими войну против Цезаря уже нельзя было больше рассматривать как мятеж против законной власти.
Эти события, должно быть, привели Клеопатру в ярость. Однако она могла утешиться, узнав о том, что произошло дальше. У Арсинои был советник, евнух Ганимед, которого она, очевидно, сделала тогда главой импровизированного правительства. Однако тут же возникли разногласия между Ганимедом и Ахиллом, причем группы сторонников того и другого старались подарками и посулами обеспечить поддержку военных. Потин, находившийся во дворце вместе с юным царем, узнав об этой ссоре, тайно отправил своих людей к Ахиллу, обещая свою безусловную поддержку, а также желая сообщить о своем намерении бежать из дворца вместе с юным Птолемеем, чтобы поддержать Ахилла прежде, чем командование перейдет к Арсиное и Ганимеду. Однако благодаря доносу цирюльника Потина его посланцы были схвачены людьми Цезаря. Потин был арестован и казнен, а поскольку он являлся высшим сановником, то Цезарь, вероятно, объявил о его казни от имени Клеопатры, а возможно, и Птолемея XIII.
Следующей жертвой междоусобицы стал Ахилл. Без поддержки своего наставника Потина он не смог контролировать недисциплинированное войско, вскоре потерпел поражение в борьбе с Ганимедом и был убит. Ганимед, возглавивший борьбу с римлянами, действовал активно – пытался сколотить новый флот, заблокировал все дороги, ведущие во дворец, и накачал морской воды в колодцы, которыми пользовались римляне. Но римские солдаты за одну ночь вырыли новые колодцы, а через два дня из Малой Азии в Александрию прибыла долгожданная флотилия с подкреплением.
