После торжественного примирения царя и царицы могла состояться формальная церемония бракосочетания брата и сестры, если этого не произошло на более раннем этапе их беспокойного совместного царствования. Однако уже к концу октября стало ясно, что перемирие себя исчерпало. Цезарю стало известно, что Потин (возможно, с ведома юного царя) тайно приказал Ахиллу (тому самому, который убил Помпея и продолжал выполнять функции командующего) стягивать войска к Александрии. В середине ноября Цезарю сообщили, что этот Ахилл с 20 тысячами воинов идет на столицу. Это было довольно разношерстное войско, состоявшее из габинианцев, мятежников, преступников, бывших пиратов и беглых рабов. Учитывая пятикратное численное превосходство противника, Цезарь послал за подкреплениями в Сирию и Малую Азию, а также направил к Ахиллу парламентеров – двух ученых мужей Диоскурида и Серапиона, выполнявших важные миссии при Птолемее XII. Однако Ахилл приказал убить парламентеров. Один из них (точно неизвестно, кто именно) действительно был убит, а второй был тяжело ранен, но друзьям удалось спасти его жизнь.
Ахилл со своим войском вошел в Александрию. Ни из «Записок о гражданской войне» Цезаря, ни из более поздней «Истории» Диона Кассия мы не узнаем подробно о том, что происходило в городе на первом этапе, но известно, что сам Цезарь вместе с Клеопатрой и Птолемеем XIII оказались в осаде в царском дворце. Цезарю пришлось взять Птолемея XIII под домашний арест, чтобы лишить врагов ключевой фигуры и представить их действия как авантюру преступной банды, а вовсе не как акцию законного государя. Осада дворца внесла существенные перемены в жизнь всех его обитателей, включая Клеопатру. Ночи она проводила с Цезарем, а днем становилась свидетельницей сражений, кипевших на суше и на море. Прямые атаки Ахилла на дворец были отбиты римскими легионерами, искусными в уличных боях. На море в это время решался вопрос «кто кого?». В Большой гавани стояло 72 египетских корабля – численно египетский флот более чем в два раза превосходил флот Цезаря. Ахилл готовился к захвату египетского флота, и, если бы ему это удалось, Цезарь оказался бы окруженным многократно превосходящими силами врага и отрезанным от мира. Но Цезарю удалось опередить Ахилла и захватить флот самому. Это – один из тех случаев, когда жалеешь о лаконизме его «Гражданских войн», предпочитая узнать подробный рассказ об этом событии, который, может быть, услышала от Цезаря Клеопатра вечером того же дня. Нет точных сведений, принимал ли сам полководец участие в этой операции, но известно, что его военные корабли вышли из дворцовой гавани и напали на египетские суда, которые были взяты на абордаж. На стороне египтян было численное превосходство, но они, хотя являлись хорошими моряками, не были готовы к подобной атаке. Но так как у Цезаря не было достаточного количества людей, чтобы распоряжаться всем флотом, он приказал, учитывая остроту ситуации, сжечь захваченные корабли, что и было исполнено. При этом пламя пожара перекинулось на некоторые портовые сооружения, и сгорели привозные книги, предназначенные для библиотеки в Александрии (а не она сама, как иногда ошибочно полагают).
