Детей оставалось четверо: Клеопатра, ее единокровная сестра Арсиноя IV и братья Арсинои, будущие Птолемей XIII и Птолемей XIV. К сожалению, полученный ими титул – Филадельфы – не оправдал себя, если принять во внимание их будущие взаимоотношения. Однако со стороны их отца введение этого, традиционного для Птолемеев, титула было, очевидно, призывом к семейной солидарности и стремлением заверить подданных, что все идет благополучно. Птолемей составил и завещание, согласно которому наследниками трона назначались старшая дочь, восемнадцатилетняя Клеопатра, и старший сын, будущий Птолемей XIII, которому тогда было десять лет. Хотя Арсиноя была старше брата, она не упоминалась в завещании, однако едва ли в этом была причина будущих плохих взаимоотношений между сестрами. Известно, что, по обычаям Птолемеев, царица могла править лишь вместе с царем, и, конечно, Клеопатра должна была иметь соправителя, которым и был провозглашен старший из ее единокровных братьев; учитывая традиции этого рода, в дальнейшем он мог бы стать ее мужем.
По установившейся к тому времени традиции царь Египта передал один экземпляр завещания на хранение своим союзникам и покровителям в Рим. Однако в конце пятидесятых годов до н.э. Рим и сам переживал глубокий кризис. Цезарь, победоносно завершивший войну в Галлии, теперь готовился к столкновению с фактическим соправителем Помпеем, который тогда господствовал в столице. Вспоминая о судьбе завещания Птолемея, Цезарь писал впоследствии: «Один экземпляр его завещания был доставлен его посланцами в Рим для хранения в казначействе. Однако из-за гражданских смут исполнить волю Птолемея оказалось невозможным, и завещание оказалось у Помпея. Вторая копия оставалась на хранении в Александрии». По словам Цезаря, в этом документе Птолемей заклинал римский народ во имя всех богов и во имя союза двух стран помочь обеспечить его точное исполнение.
Египтология предоставляет мало надежных данных по интересующему нас вопросу, однако сохранились некоторые папирусы 51 года до н.э. где говорится: «Тридцатый год (правления) Птолемея XII и первый год правления Клеопатры». Это позволяет сделать предположение о том, что Клеопатра, старшая наследница, получила уже в это время статус соправительницы отца. Такая практика в Египте вовсе не была новостью, и возвращение к ней объяснялось, скорее всего, резким ухудшением состояния здоровья Птолемея XII. В любом случае его правление быстро приближалось к концу.
