Поскольку новгородцы приняли активное участие в январских событиях, естественно, что Шуйские не стали возражать против решения заменить Иоасафа новгородским архиепископом Макарием, 16 марта епископский Собор избрал его митрополитом московским и всея Руси. Его рукоположение состоялось три дня спустя.
Выбор оказался удачным. Макарий стад одним из величайших церковных деятелей Руси.
Несмотря на соперничество среди бояр, которое весьма осложняло жизнь придворных и высших чинов, правительственная машина продолжала функционировать. Рутина административной работы лежала на плечах дьяков и их помощников – подьячих.
Среди подьячих, которые начали службу между 1538 и 1542гг., был Иван Михайлович Висковатый (ставший дьяком в 1549 г.), человек, которому суждено было сыграть важную роль в государственных делах в 1550-х и 1560-х гг.
Как показали дальнейшие события, наиболее негативным результатом политики и поведения Шуйских было их влияние на характер юного великого князя. О мальчике Иване хорошо заботились до смерти его матери, ко времени которой ему было восемь лет. Потеряв свою мать, он также лишился любимой им воспитательницы, боярыни Аграфены Челядниной, урожденной Оболенской, сестры любовника его матери. Аграфена была вывезена в Каргополь.
Мальчик чувствовал себя совершенно одиноким в недружелюбном мире. Он жил на двух различных уровнях. Официально как великий князь он играл ведущую роль в великолепии дворцовых и церковных церемоний, торжественно восседал на троне, когда принимал зарубежных послов и оделялся внешним уважением и лестью. В противоположность этому, в каждодневной жизни во дворце его игнорировали, недокармливали и унижали. Более того, с ним не только обращались без уважения к его статусу великого князя, не выказывалось никакого почтения и к памяти его отца, Василия III.
Чувства оскорбленности, страха и ненависти все еще горели в Иване и более чем через два десятилетия спустя, когда он написал письмо князю Андрею Курбскому (1564 г.): «Каких только страданий я не испытал, не имея одежды, и от голода! Поскольку всюду моя воля не принадлежала мне; все было против моей воли и не приличествовало моему нежному возрасту. Я хорошо помню одну вещь: в то время как мы (Иван и его младший брат Юрий) играли в детстве в младенческие игры, князь Иван Васильевич Шуйский сидел на скамье, опираясь своими локтями на постель нашего отца, а своей ногой на стул; и он даже не обращал свою голову к нам – ни отечески, ни как господин... Кто может выдержать такую надменность?»
