Вольские в противовес политическим притязаниям княжеских семей дома Рюриковичей хотели укрепить власть центрального правительства. Их поддержали некоторые князья литовского происхождения, подобные князю Петру Щенятеву, а также некоторые некняжеские московские боярские семьи.
Шуйские, напротив, пытались укрепить в московском правительстве роль владетельных князей. Для этого они были готовы признать некоторую степень автономии отдельных территорий, в особенности Новгорода.40
28 октября 1539 г. по инициативе Шуйских население Белоозерского уезда получило грамоту, согласно которой задача опознания и суда над преступниками изымалась из юрисдикции наместников и передавалась судьям, избранным из местного дворянства, которому помогали представители крестьянства.41 Эта грамота, за которой последовали другие, оказалась важным этапом в процессе реформирования провинциального правления в 1550-х гг.
Сначала Шуйские одерживали верх над Бельскими. 2 февраля 1539 г. митрополит Даниил был насильственно смещен со своего поста и отправлен в Волоцкий монастырь. Здесь под принуждением он подписал заявление об отречении. Собор епископов избрал митрополитом настоятеля Троицкого монастыря Иоасафа. Иоасаф принадлежал к последователям отшельника Нила Майкова (Сорского), так называемым нестяжатезям, которые считали, что монастыри не должна владеть земельными угодьями, это противоречит духу христианского монашества и, следовательно, недостойно монахов.42
Изгнав митрополита Даниила, Шуйские попытались избавиться от князя Ивана Федоровича Бельского, заключив его в тюрьму. Некоторое время их плану мешал новый митрополит Иоасаф, чью кандидатуру на митрополичью кафедру Шуйские прежде одобрили. Действуя от имени великого князя Ивана (ему было тогда десять лет), Иоасаф смог освободить Бедьского из тюрьмы, и тот стал ведущей фигурой в правительстве.
Возмущенный глава клана Шуйских, князь Иван Васильевич, перестал в знак протеста являться на заседания Боярской Думы. Вскоре его последователи – бояре и «сыны боярские», в особенности из Новгорода – организовали мощный заговор против Бельского и поддерживающих его. Ночью 3 января 1542 г. Бельсккй был арестован заговорщиками. Он был вывезен в Белоозеро и заключен там в тюрьму (в мае он был убит агентами Шуйских). Князь Петр Щенятев был выслан в Ярославль, цитадель удельных князей дома Рюриковичей.
Митрополит Иоасаф запросил об убежище во дворце великого князя. Заговорщики бросились за ним и ворвались в спальню юного Ивана IV. Иоасаф скрылся в московском подворье Троицкого монастыря. Здесь он был схвачен новгородскими участниками заговора. Они начали издеваться над ним и угрожали убить. Только благодаря вмешательству одного боярина (самого участника заговора) и настоятеля Троицкого монастыря его жизнь была спасена. Но с поста митрополита его сместили.
