Жандармы решили произвести тщательный обыск, надеясь найти материалы, которые помогут им надолго упрятать в тюрьму членов беспокойной семья Ульяновых. В ночь с 1 на 2 января в дверь квартиры № 14 дома 12 по Лабораторной улице заколотили громко и требовательно. «Знакомый стук», — философски спокойно заметила Анна Ильинична, отправляясь открывать. Ворвалось 10 жандармов во главе с майором. У дверей топтались понятые. Начался обыск. Все женщины (Дмитрий Ильич был арестован днем на службе) держались с достоинством. Мария Александровна совершенно спокойно смотрела, как бросают на пол чистое белье, одежду, книги, как копаются в письменных столах. Она старалась успокоить прислугу — молоденькую девушку-украинку Анюту: «Не бойся, милая, они сами не знают, что ищут. Ничего они не найдут».
Действительно, обыск ничего не дал. Жандармы были ошеломлены — по их сведениям, именно Ульяновы хранили архив ЦК и Киевского комитета РСДРП. Им было невдомек, что каждый из обыскивающих раз десять прошел мимо тайника — специального шахматного с голика. Его бесцеремонно передвигали с места на место. Опять выручило изобретение Марка Тимофеевича — он еще в Алакаевке сделал двойную крышку к этому столику, получилось довольно большое пространство, куда можно было быстро спрятать нелегальщину. Внешний вид столика не вызывал никаких подозрений. И все-таки жандармы увели и Анну и Марию, а также и Антонину Ивановну — жену Дмитрия Ильича. Мария Александровна на другой день начала хлопоты — пошла в Лукьяновскую тюрьму, выяснила, когда принимают передачи, когда разрешены свидания.
Дмитрия Ильича посадили не в Лукьяновскую тюрьму, а в так называемую Киевскую крепость. Аресты были широкими. За решетку попали очень многие члены ЦК и Киевского комитета. Характерно, что полиция хорошо ориентировалась в направлениях партийных группировок. Арестовывали в основном большевиков.
Крупская писала Лалаянцу в Одессу 15 января 1904 года: «Дорогой друг, давно очень от вас нет писем, пропадают, что ли? От Емельяна тоже ни слуху ни духу. Получили вести о киевском провале, взяты Маня, Митя, Анюта, Зина и много комитетских. Никто ничего не пишет, и мы имеем основания предполагать, что взяты многие из ЦК. Судим по тому, что меньшинство очень уж осмелилось... Известите, если что узнаете о Киеве и ЦК... Пришлите явку».
Борьба осложнялась тем, что некоторые члены ЦК, в том числе и такой старый товарищ, как Кржижановский, заняли примиренческую позицию.
