Когда в феврале 1963 гола был установлен первый баасистский режим, курды быстро представили ему далеко идущий план автономного региона в Курдистане. План был тут же отклонен, и летом Баас начала жестокую военную кампанию в Курдистане. Это оказалось серьезной ошибкой. Военные операции безрезультатно тянулись несколько месяцев, вбив еще один гвоздь в гроб первого баасистского режима. Борьба в Курдистане продолжалась все 60-е гг., и ко времени возвращения Баас к власти в 1968 году дело, казалось, шло к гражданской войне. Партизаны повредили нефтяные установки в Киркуке, нанеся серьезный материальный ущерб и выразительно напомнив центральному правительству, как высоки ставки. Режим ответил тем, что послал почти всю иракскую армию (четыре из шести дивизий) на север Ирака. Последовали беспощадные акции, при которых армия не останавливалась перед массовыми нападениями на беззащитных жителей. Одно из самых известных зверств произошло в курдской деревушке Дакан в августе 1969 года и было описано в «Бюллетене курдских новостей»:
"Дети и женщины деревни укрылись в одной из пещер поблизости, спасаясь от бомбежки и артиллерийского обстрела.
Офицеры и наемники сожгли деревню и собрались около входа в пещеру. Они принесли дров, облили их бензином и подожгли. Обезумевшие женщины и дети исступленно кричали. Во всех, кто приближался к входу, солдаты стреляли, так что никто не мог спастись. В пещере были сожжены 67 женщин и детей".
Саддам с большой озабоченностью следил за событиями в Курдистане. Он помнил о том, как пагубно отразилась курдская проблема на судьбе предыдущего баасистского режима, и опасался, что слишком большое внимание к ней снова поставит под угрозу правление Баас и, что еще важнее, подорвет положение самого Саддама в партии. Он знал, что подавление всеобщего курдского восстания потребует постоянных военных усилий, учитывая активную иранскую поддержку, которая, по всей вероятности, будет оказана курдским мятежникам. Было очевидно, что экономические издержки такой гражданской войны будут непомерными, особенно если курды станут вредить нефтяной промышленности, что было им вполне по силам, как показал их набег на нефтяные разработки в Киркуке. Он ясно понимал, что если Ирак увязнет в Курдистане, это сыграет на руку Ирану и даст ему возможность навязать Ираку свою волю по целому ряду вопросов, особенно по части навигационных правил в Шатт-эль-Арабе, единственном выходе Ирака к Заливу.
