Победой «иосифлян» первый шаг к подчинению церкви государству был сделан. Но был сделан — хотя и подавленный — шаг в сторону «духовного делания», толкования Евангелия, живой проповеди. «Обрусение» церкви и победа «старины» оказались непрочными — в середине XVII века возникло в церковных кругах течение, стремящееся сблизить паству и пастырей не путем обрядов только, но путем проповеди, возникло сомнение в «благочестии» многих русских обрядов и богослужебных книг как явно расходящихся с греческими.
Сомнения эти патриархом Никоном разрешены были с русской решительностью — заменой многих обрядов и исправлением, а то и новым переводом богослужебных книг. Эта реформа повела к расколу, не только положив начало делению русских на «западников» и «славянофилов», но и сделав государство окончательным арбитром в делах церкви. Встав на сторону Никона против «раскольников», царь Алексей затем заменил его более послушным Иоасафом. Следующий шаг был сделан Петром, в начале XVIII века заменившим патриарха Синодом — коллегией высших церковных иерархов, назначаемых самим государем на время, с «обер-прокурором» в роли его представителя. Царь превратился в главу как светской, так и церковной власти, а Россия — в теократическое государство.
Далеко не все русские приняли новую церковь. Ни в народе, ни в западническом «образованном обществе» не прекращались поиски более глубокой и независимой от власти веры. Образованный класс качнулся в сторону «вольтерьянства», «безбожных сочинений ансиклопедистов», и в XIX веке «атеизм» стал исповеданием значительной части интеллигенции. Но параллельно шли и религиозные поиски — «общество» интересовалось то масонством, то католичеством, то протестантством, то мистическим сектантством, то сектантством рациональным, то принималось за составление собственных учений, а к концу XIX века возникло религиозно-философское движение за реформу православной церкви. В религиозно-философском обществе в Петербурге, где собирались писатели и философы вместе с иерархами церкви, Василий Розанов заговорил об «одухотворенности плоти», а Дмитрий Мережковский об «оплотнении духа». Все эти искания — в форме более упрощенной — захватывали и светские и обывательские круги.
Для народа дух религиозного протеста нашел прежде всего выход в «старообрядчестве». Отход старообрядцев от официальной церкви — или отход церкви от старых обрядов — и преследование старообрядцев государством повели к их дальнейшим расколам — на тех, кто желал сохранить традиционную структуру церкви, и тех, кто в ожидании скорого конца света ее отрицал. Начались «беспоповщина», самосожжение, воздержание от брака, ожидание в гробах Судного дня. Последние времена, однако, все не наступали, явился Антихрист в мир «чувственно» или только «духовно», было неясно, старообрядчество постепенно отказывалось от крайностей, но работа народному сомнению была дана.
