Анализ процесса формирования национальной пограничной службы непосредственно не является предметом настоящего исследования, но необходимо отметить, что некоторая несогласованность вопросов о сроках и объеме передачи участков госграницы от ФПС России ГУПО МО Кыргызской Республики. Вопросы размещения застав и погранотрядов, формы взаимодействия с правоохранительными органами, подготовки кадров также сразу не были решены, что отрицательно сказалось на уровне оперативно-разведывательной работы в пограничной зоне, в том числе на перекрытии путей афганского наркотрафика.
17 июля 1999 года в присутствии премьер-министра Кыргызстана А.Муралиева директором ФПС РФ генерал-полковником К.Тоцким и министром обороны Кыргызской Республики генерал-полковником М.Субановым от имени своих правительств были подписаны Соглашение между Кыргызской Республикой и Российской Федерацией о сотрудничестве по пограничным вопросам (включая Положение об Оперативной группе Федеральной пограничной службы Российской Федерации в Кыргызской Республике и Положение о порядке финансирования Оперативной группы Федеральной пограничной службы Российской Федерации в Кыргызской Республике), Соглашение между правительством Кыргызской Республики и правительством Российской Федерации о порядке передачи Кыргызской Республике под охрану участков ее государственной границы, охраняемых ФПС Российской Федерации, и протокол об условиях, порядке приема и обучения в высших учебных заведениях ФПС Российской Федерации военнослужащих министерства обороны Кыргызской Республики.
Вскоре после подписания данных документов, 28 июля 1999 года, начался процесс передачи под охрану ГУПО МО Кыргызстана участков ее государственной границы, завершившийся 26 августа 1999 года подписанием начальником Оперативной группы ФПС Российской Федерации генерал-майором А.Сусовым и начальником ГУПО министерства обороны Кыргызской Республики полковником Т.Шаштемировым акта о передаче всех отрядов под юрисдикцию ГУПО МО Кыргызстана.
В марте 2002 года приказом директора Федеральной пограничной службы Российской Федерации генерал-полковника Константина Тоцкого медалью "За укрепление боевого содружества" был награжден начальник Главного управления пограничной охраны (ГУПО) Кыргызской Республики полковник Алик Мамыркулов. Этим фактом российские дозорные оценили большой вклад своего кыргызского коллеги, стоявшего у истоков создания национальной пограничной службы КР, в охрану юго-восточных рубежей СНГ, в укрепление взаимодействия и сотрудничества пограничных структур Кыргызстана и России. В представлении на награждение подчеркивается, что полковник А.Мамыркулов вносит конструктивный вклад в активизацию совместных действий кыргызских и российских часовых границы в пресечении трансграничной преступности, наркотрафика, в выработку механизма реализации государственных договоренностей в пограничных вопросах, совершенствование практики помощи российских советников в организации охраны кыргызстанских рубежей.
