Еще до принятия решения о выводе ГПВ РФ, - осенью 1997 года - по решению руководства Кыргызстана российские пограничные заставы на таджикском направлении были ликвидированы. Это решение так и не получило достаточно убедительного разъяснения из официальных источников. В ноябре 1998 года командование ГПВ РФ на основании постановления правительства КР приняло решение о ликвидации поста пограничного контроля "Сары-Таш" на трассе Ош Хорог.
На Международном семинаре по контролю за наркотиками, проходившем под эгидой ООН в мае 1995 года в Ташкенте отмечалось: "Значительный рост операций по незаконным перевозкам наркотиков в республиках Центральной Азии угрожает не только здоровью местного населения, но также оказывает отрицательное влияние на политическую, экономическую и социальную стабильность и на процессы демократических реформ. Крепкие связи перевозчиков наркотиков с организованной преступностью и огромная прибыль от нелегальной деятельности позволяет им оказывать влияние на внутреннюю экономическую и политическую жизнь государств, коррумпировать (подкупать) правительственных чиновников, уменьшать эффективность действий правоохранительных органов и дестабилизировать процесс создания демократических государств, где главенствует закон. Правительства Центральной Азии полностью осознают то отрицательное воздействие, которое незаконные действия, связанные с наркотиками, оказывают на общее социально-экономическое развитие, и принимают контрмеры. Однако весь опыт в области борьбы с наркотиками и имеющиеся ресурсы для такой деятельности далеко не достаточны для того, чтобы предотвратить и приостановить влияние роста преступности в регионе, связанной с наркотической деятельностью". Роль российских пограничников в противодействию незаконному обороту наркотиков отмечалась положительно и неоднократно на самых разных уровнях. Так, в ходе одного из рабочих визитов в Бишкек директора ФПС России генерала армии А.Николаева, Президент Кыргызстана А.Акаев высоко оценил роль ГПВ РФ именно в создании "надежных барьеров на пути наркотиков из Афганистана в Кыргызстан, а через него - в другие страны ближнего и дальнего зарубежья.
Распоряжениями Президента Кыргызской Республики от 3 сентября (No 284) и от 14 октября (No 332) 1998 года были определены целесообразность создания национальной пограничной службы и порядок передачи ей охраны государственной границы республики. В начале следующего года были приняты Законы "О государственной границе Кыргызской Республики" и "О пограничной службе Кыргызской Республики". В соответствии с этими Законами и в целях "защиты и охраны государственной границы, обеспечения суверенитета, территориальной целостности и неприкосновенности страны" 28 мая 1999 года издан Указ Президента КР "О пограничной службе Кыргызской Республики", который определил ее структуру, численность, порядок финансирования, материально-технического обеспечения, формы взаимодействия с госадминистрацией. Погранслужба республики образовывалась в составе: Главного управления погранохраны (ГУПО) при Министерстве обороны КР численностью 2800 единиц и Главного управления пограничного контроля (ГУПК) при Министерстве национальной безопасности численностью 200 единиц для осуществления погранконтроля в пунктах пропуска через границу. Начальник ГУПО по должности одновременно являлся заместителем министра обороны республики. Указ предлагал правительству в месячный срок определить порядок финансирования и материально-технического обеспечения ГУПО и ГУПК, модернизировать соответствующие нормативные акты. Главам местных госадминистраций Указ рекомендовал совместно с органами местного самоуправления осуществлять взаимодействие с погранслужбой по вопросу обеспечения охраны границы.
