Серьезным вкладом ГККН в реализацию антинаркотиковой стратегии Кыргызстана стала разработка предложений в Организацию Объединенных Наций о понижении спроса на наркотики, предусматривающего открытие реабилитационного центра для наркоманов; об уничтожении сырьевой базы гашишной наркомании зарослей дикорастущей конопли - в Чуйской, Ферганской, Кетмен-Тюбинской долинах, в Прииссыккулье после предварительного картирования мест ее произрастания. Оба документа были разработаны Госкомиссией совместно с учеными, специалистами Минздрава, Минсельхоза, Национальной Академии Наук и предложены Международной программе ООН по контролю за наркотиками. На этой основе Программа ЮНДКП разработала международный проект по картированию мест произрастания наркосодержащих растений в Кыргызстане, Таджикистане и Казахстане, выделив на его реализацию около 1 миллиона долларов США. При этом были учтены все предложения и потребности кыргызской стороны. Проект начал реализовываться в декабре 1996 года, им подготовлены подробные карты мест произрастания наркотикосодержащих растений (конопли, эфедры, опийного мака) во всех трех странах участницах проекта. Их применение повышает эффективность работы правоохранительных органов по пресечению сбора и изготовлению наркотиков, Минсельхоза и других заинтересованных министерств и ведомств - по их целенаправленному уничтожению.
Помимо тесных рабочих контактов с Международной Программой ООН, Государственная комиссия при правительстве Кыргызской Республики по контролю наркотиков установила тесные деловые контакты и с рядом международных и национальных антинаркотиковых организаций Европы и США, Израиля, Ирана. Такие контакты обеспечили поступление аналитических материалов, широкий обмен опытом антинаркотиковой деятельности, позволили принимать участие в международных форумах.
Рост наркоэкспансии из Афганистана в Россию через южный регион Кыргызстана побудил ГККН обратиться к российским коллегам с предложением выработать "тактику на опережение": осуществлять вахтовым методом совместные дежурства на досмотровых постах с использованием специальных, обученных на отыскание наркотиков, собак; применении вертолетов для выявления наркотрафикантов на горных, труднодоступных тропах. Инициатива была поддержана, в конце 1994 года был разработан проект Соглашения о сотрудничестве с Россией в борьбе с наркотизмом.
По инициативе Госкомиссии из числа специалистов силовых структур была также сформирована экспертная группа для выработки предложений по выявлению и перекрытию каналов проникновения афганского опия в Кыргызстан по трассе Хорог - Ош, детально обследовавшая горно-бадахшанское приграничье. 16 сентября 1994 года председатели ГККН и Комитета Национальной безопасности, силовые министры, директор Гостаможни и Командующий группой пограничных войск Российской Федерации в Кыргызстане впервые вместе облетели кыргызский участок трассы, уточнили дислокацию контрольно-пропускных пунктов, количество дежурных смен, наличие оборудования. Подобные облеты в дальнейшем стали регулярными. Полученные наблюдения были обобщены и внесены ГККН на рассмотрение республиканского Совета Безопасности. По результатам рассмотрения был издан Указ Президента Кыргызской Республики от 21 ноября 1995 года " О неотложных мерах по усилению борьбы с незаконным оборотом наркотиков", который в целях перекрытия каналов поступления наркотиков по памирскому тракту из Афганистана и пресечению их дальнейшего распространения в странах ближнего и дальнего зарубежья представил группе пограничных войск Российской Федерации в Кыргызской Республике (ГПВ РФ) право ведения оперативно-розыскной деятельности по вопросам борьбы с незаконным оборотом наркотиков в зоне пограничного контроля на памирском направлении во взаимодействии с Государственным Комитетом Национальной безопасности Кыргызской Республики. Указ обязал республиканские хозорганы выделить ГПВ РФ два сборных щитовых дома и 12 блоксекций для вновь создаваемых пограничных застав и постов, а также четыре самолета АН-2.
