Вскоре Государственная комиссия подписала с Международной программой по контролю наркотиков проект об оказании правоохранительным органам республики технической помощи на сумму 500 тысяч долларов США. Были приобретены автотранспорт, средства связи для областных отделов по борьбе с наркобизнесом, оборудование для телестудии Бишкекской высшей школы МВД Кыргызской Республики, широко используемые в деятельности органов внутренних дел республики химические тесты для определения вида изъятого наркотика, приборы, оборудование и химические препараты для проведения химических экспертиз и исследований наркотических веществ Центральной научно-исследовательской лаборатории судебных экспертиз (ЦНИЛСЭ) Министерства юстиции Кыргызстана. Двое ведущих сотрудников лаборатории были обучены проведению новейших исследований в Братиславе.
Во второй половине 1990-х годов проблему для правоохранительных органов республики представляло хранение наркотиков, изъятых из незаконного оборота. Переполненные, плохо оборудованные хранилища при ОВД представляли серьезную опасность, и прежде всего, как возможный источник коррупции.
Учитывая серьезность положения, Госкомиссия вступила в переговоры с шымкентским (Казахстан) химико-фармацевтическим предприятием, чтобы там перерабатывать изъятый из незаконного оборота наркотик. В качестве оплаты за сырье предполагалось получать готовые лекарственные препараты в счет квоты, определяемой республике специальным комитетом ООН (Вена, Австрия). Сотрудники госкомиссии выезжали в Шымкент, встречались со многими уполномоченными лицами Республики Казахстан. Но там предложение ГККН не поддержали, т.к. наладить переработку сырья и производство лекарств экономически выгодно было только при наличии большого, не менее 5 тонн, количества чистого опия, чего Кыргызстан гарантировать не мог. И тогда, с привлечением специалистов других ведомств, Госкомиссией по контролю наркотиков была разработана Инструкция о порядке хранения и комиссионного уничтожения изъятых из незаконного оборота наркотиков, которые с тех пор сжигаются.
Серьезное внимание ГККН уделяла и проблеме уничтожения главной сырьевой базы наркомании - дикорастущей конопли. Ею было в 1996г. разработано "Положение о специализированных хозрасчетных бригадах по уничтожению дикорастущей конопли." Этот вид работ был включен в утвержденный правительством перечень оплачиваемых общественных работ. Такой подход позволил предоставить сезонную работу свыше 2000 безработных, начать под контролем милиции массовое уничтожение сорняка. Министерство труда и социальной защиты, Главное управление занятости населения поддержали предложения ГККН, разработали для акимов, начальников областных Управлений внутренних дел и занятости населения детальный механизм формирования и системы оплаты хозрасчетных бригад. Эта добрая инициатива, к сожалению, оказалась временной и через два года практически заглохла, поскольку в те годы института представителей Госкомиссии на местах не существовало, и инициировать создание хозрасчетных бригад на местах оказалось некому. Позднее, когда институт представителей Государственной комиссии по контролю наркотиков на местах был создан, весьма нужное начинание оказалось уже забытым.
