Убедившись, что коварные планы ИДУ не находят поддержки среди коренного населения южных районов Кыргызстана, подвергшихся агрессии, а военная авантюра с захватом нескольких сел в Баткенском, Чон-Алайском районах вызвала консолидацию антитеррористических сил, объединение усилий стран СНГ, Китая в борьбе с вооруженной экспансией, лидер боевиков Джума Намангони со своим отрядом численностью около 700 человек в первой декаде мая 2000 года покинул урочище таджикского Припамирья, где отсиживался после изгнания с кыргызской земли, и передислоцировался в Афганистан, в провинцию Кундуз, контролировавшуюся талибами. Этим шагом Д. Намангони, как один из лидеров ИДУ, подтвердил, что меняет своих хозяев: от объединенных действий с отрядами таджикской оппозиции, вместе с которыми он в 1992-1997 годах сражался против правительственных сил в Таджикистане, он отныне открыто перешел к талибам, признал их идеологию и тактику борьбы за возрождение "великого исламского государства Тимуридов". И одновременно стал еще более активно транспортировать афганский наркотик через хорошо разведанную и знакомую территорию южных приафганских районов Узбекистана, Таджикистана, поскольку наркотрафик оставался главным разменным товаром талибов, платой за приобретаемое оружие, транспорт, горючее. После роспуска оппозиционных таджикских формирований в 1998 году и создания коалиционного правительства в Душанбе, отряд Джумы Намангони превратился в непрекращающуюся "головную боль" официальных властей. Он переориентировался и, не сложив оружия, перешел к открытым угрозам в адрес Президента Республики Узбекистан Ислама Каримова и проводимой им государственной политики по ограничению религиозного экстремизма. Связанный договором о сотрудничестве и взаимопомощи с некоторыми входящими в СНГ суверенными государствами Центральной Азии: Казахстаном, Кыргызстаном, Узбекистаном - официальный Душанбе, после баткенской авантюры Джумы Намангони, стал усиленно искать выход, чтобы изгнать его со своей территории, избавиться от опасного соседства, обеспечить мир и стабильность в регионе.
В начале мая 2000 года в Припамирье по указанию Президента Таджикистана Эмомали Рахмонова была направлена правительственная комиссия, которая вела переговоры с Джумой Намангони. В состав комиссии входили его недавние соратники, бывшие лидеры объединенной таджикской оппозиции Саид Абдулло Нури, нынешний вице-премьер министр Республики Таджикистан, и Мирзо Зиеев, возглавлявший министерство по чрезвычайным ситуациям. Трудные и длительные переговоры завершились согласием Намангони и полевых командиров узбекской военно-политической оппозиции покинуть территорию Республики Таджикистан, что и было осуществлено через Дарвазский район : из Тавиль-Дары. Однако, по данным МНБ КР, отдельные группы боевиков ИДУ и их наблюдатели находились в сопредельных территориях Таджикистана вплоть до лета 2000 года.
