Вместе с тем, учитывая протесты своих избирателей, Кеннеди пытается найти общий язык и с людьми, обеспокоенными маккартизмом. Он доказывал им, что стране необходимо «обеспечить безопасность». Нежелание Кеннеди выступить против маккартизма было расценено наиболее стойкими либералами как фактическая поддержка с его стороны действий Маккарти. Похоже, так оно и было. Кеннеди выжидал лучших времен, когда, как он сам признавал, «буря, бушующая вокруг сенатора Маккарти», несколько утихнет.
Надо сказать, что среди сенаторов все же были люди, более или менее энергично выступившие против действий сенатора Маккарти. Это были, например, Лимэн, Фулбрайт, Фландерс. В июле 1954 года либерально настроенный сенатор Ральф Фландерс внес в сенат резолюцию, осуждающую Маккарти. Она вызвала в конгрессе бурные дебаты. Кеннеди снова предпочел остаться в тени, выступив лишь с небольшим заявлением, в котором обошел существо дела. Рассказывают, что в конце концов Кеннеди будто бы решил голосовать за осуждающую Маккарти резолюцию, однако не по тем мотивам, которые выдвигал Фландерс.
Маккартисты, возглавляемые в сенате лидером большинства республиканцем Ноулендом, попытались сорвать принятие резолюции, осуждающей действия Маккарти. Под их давлением 75 сенаторов поддержали предложение Ноуленда об отсрочке обсуждения резолюции Фландерса. Среди них был и Кеннеди. Лишь 12 сенаторов выступили против отсрочки. Однако, несмотря на временную отсрочку обсуждения фашистских методов сенатора Маккарти, решающая схватка с ним либерально настроенных сенаторов быстро приближалась. Кеннеди, однако, не пришлось принять участие в дальнейших событиях. Болезнь позвоночника внезапно обострилась. 2 декабря 1954 года, в день, когда состоялось решающее голосование по резолюции, осуждающей Маккарти, Кеннеди лежал в хирургической больнице, ожидая операции.
Позднее Кеннеди не раз пытался объяснить свое пассивное поведение в отношении Маккарти. Он, например, ссылался на краткосрочную службу в 1953 году его брата Роберта Кеннеди в аппарате Маккарти, утверждая, что ввиду этого ему, Кеннеди, «было бы бестактно» выступать против Маккарти. Однако Кеннеди однажды все же признал, что его поведение в отношении Маккарти «было, быть может, неправильным».
Подобного рода объяснения Кеннеди не удовлетворяли либералов, и он постоянно подвергался критике с их стороны. Долгое время одним из наиболее решительных критиков поведения Кеннеди была Элеонора Рузвельт. Отказавшись поддержать кандидатуру Кеннеди на пост кандидата в президенты от демократической партии, г-жа Рузвельт заявляла, что Белый дом не должен зависеть от «людей, которые понимают, что такое мужество, восхищаются им, но сами недостаточно самостоятельны, чтобы проявлять его». «По-моему, - говорила Э. Рузвельт, - маккартизм - это такой вопрос, по которому все общественные деятели должны высказать свое мнение. И оно должно учитываться. Не могу быть уверенной в политическом будущем человека, который не высказывается открыто о том, какую позицию он занимает в данном вопросе».
