Окрыленный успехом своих первых произведений, Нефф решает начать самостоятельную жизнь и целиком посвятить себя литературе. К немалому возмущению родственников, он навсегда покидает магазин отца. В 1936 году Нефф принял место референта по английской и французской литературе в издательстве «Мелантрих». Днем он читал чужие книги и рукописи, а вечером шел в кафе и писал сам. В 1939 году издательство отказалось от его услуг, — при новой внешнеполитической ситуации отпала надобность в референте по английской и французской литературе, — и Владимир Нефф был вынужден жить исключительно литературным заработком.
Между тем именно в эти годы он как художник находился в глубоком кризисе. На первый взгляд это было незаметно. В 1937 году выходит его роман «Двое у стола». В ноябре того же года состоялась премьера его пьесы «Первый налет». В 1939 году Нефф издает романы «Бог ненужности» и «Изгнание из рая» (драматический вариант этого романа — комедия «Искуситель» в декабре 1939 года была поставлена на сцене Пражского городского театра на Виноградах). В 1940 году выходит книга юмористических очерков Неффа «Перед прилавком и за прилавком» и заканчиваются съемки кинокартины «Прошлое Яны Косиновой», поставленной по его сценарию. Затем он пишет одноактную пьесу «Сосед» (1941), киносценарии «Габриэла» (1942) и «Прекрасная чародейка» (сценарий этот не был ни опубликован, ни экранизирован). Но в идейном и художественном отношении все эти произведения в значительной мере уступали его «Маленькому великану», часто лишь повторяли сказанное писателем ранее и в целом не поднимались над уровнем литературной посредственности. Впоследствии сам Нефф говорил об этом периоде своего творчества как о времени художественного упадка. Но тем не менее этот период нельзя вычеркнуть из творческой биографии Неффа. В романе «Двое у стола» Нефф впервые подходит к главной теме своего творчества — к показу морального и духовного упадка буржуазии, к критике буржуазной семьи.
Новые стороны таланта Неффа раскрылись в романе «Тринадцатая комната» (1944). По сути дела, это не один роман, а несколько романов в единой сюжетной рамке. Это книга о детстве, расстающемся с романтическими иллюзиями и вступающем в суровый мир действительности. И это раздумье об отношении вымысла художника к жизненной правде. Это рассказ о хороших людях, чувства которых искажены сословными предрассудками и властью денег. И это судебный роман с хитроумно закрученной детективной интригой. Это поэтическая идиллия об островке прошлого в море современности и островке природы среди городских камней. И это цикл жанровых сцен из жизни мещан и простолюдья. Наконец, это философский роман, автор которого стремится познать социальные и психологические причины человеческого поведения. Само название романа многозначительно и символично. Запретная «тринадцатая комната» — это и поэтическая тайна, дымка которой рассеивается при холодном свете познания, и моральный запрет, накладывающий табу на все, что может принести вред другим людям, и святая святых души человека, его любви и веры, которую нельзя оскорблять сомнением и скепсисом, и таинственный плод древа познания, к которому никогда не перестанет протягивать свою руку человечество.
