Новый король начал постепенное омоложение командного состава прусской армии, в частности пригласил молодого подполковника Герхарда фон Шарнхорста. Вместе с Августом фон Гнейзенау, Германом фон Бойеном и Кристианом фон Массенбахом Шарнхорст настаивал на введении французской военной системы, на деле показавшей свою эффективность. Все они предлагали расширить полномочия Генерального штаба – наследника Квартирмейстерской службы -, и превратить его в центральный орган военного планирования прусской армии.
Во внешней политике король старался лавировать между Россией, Британией и Австрией с одной стороны, и Францией с другой. Наполеон заключил с ним военный союз, уступив взамен Ганновер. Последний был связан личной унией с Британией, но был оккупирован французскими войсками – таким образом, император пытался «вбить клин» в отношения Лондона и Берлина и оставить Пруссию без сильных союзников, поставить ее в режим дипломатической изоляции>35. Русский царь Александр пытался заставить Фридриха Вильгельма примкнуть к коалиции, угрожая даже в противном случае нападением на Пруссию. Вместе с тем прусский король не поддался давлению и дал понять Александру, что его страна будет сопротивляться любому, кто посмеет покушаться на ее нейтралитет>36.
Создание антипрусского по своей направленности Рейнского союза заставило Фридриха Вильгельма в конце концов начать сближение с противниками Франции. Дальше прусский король совершил одну из самых своих критических ошибок, предъявив в начале октября 1806 года Наполеону ультиматум с требованием покинуть все германские земли до Рейна. Прусская армия стала готовиться к наступлению на Баварию с целью застать французские корпуса врасплох и заставить Наполеона отступить за Рейн>37. Однако его войска сами быстро отрезали пруссакам пути отхода. Поражение при Заальфельде заставило тех отступать к Веймару и Йене, генеральное сражение предполагалось дать возле рек Заале и Эльбы. Но французы постоянно шли вслед за отступающими пруссаками.
Заняв Йену 13 октября, Наполеон на следующий день атаковал позиции ничего не подозревавшего Гогенлоэ. Пруссаки не смогли оказать организованного сопротивления, а фланговая атака Сульта, Ланна и Ожеро заставила их начать паническое бегство. Одновременно Даву продавил прусскую оборону, возглавляемую королем Фридрихом Вильгельмом, возле Ауэрштедта. Пруссакам не оставалось больше ничего иного, кроме как отступать; при этом пути на Берлин уже были перекрыты французами
