». После этих слов Богородица стал невидимой, а на снегу остались ее следы.
Через год в 1862 г. было повторное явление Богородицы старцу Ионе, в котором Она возвестила, что он «грабли и секира, избранные Господом, как орудие для Его дивных и святых дел». Неудивительно, что после завершения строительства монастыря его посещало около полумиллиона паломников ежегодно, а к старцу Ионе стекались люди со всей Руси.
В 1899 году в связи с тяжелой неизлечимой болезнью преподобный Иона был уволен от управления Свято-Троицким монастырем. В это время старцу было 97 лет. До конца жизни он сохранил здравый ум и бодрость духа. Когда братия, видя угасающие силы отца Ионы, стала с ним прощаться, ему было еще одно явление из духовного мира. В его келии появился светоносный Ангел Божий и сказал: «Бог дарует тебе силы и здравие на то, чтобы окончить еще одну работу. После этого Он позовет тебя к Себе в Небесные Обители».
В результате отец Иона смог еще завершить строительство каменного корпуса, утвердить план и заложить основание большой колокольни монастыря, собрав для этого немалые средства.
Прожил преподобный сто лет и умер в ночь с 8 на 9 января (по старому стилю) 1902 года.
Жизнь и труды старца были мученическим подвигом во Славу Божию. Но сам преподобный Иона говорил, что мучеником он будет после смерти. Пророчество старца сбылось более чем через пол века. В 1966 г. советская власть решила устроить в Троицком храме музей ботаники. Мощи преподобного им явно мешали, и они решили их извлечь для перезахоронения. Но сделали это с сатанинской жестокостью и кощунством.
Когда гроб был вскрыт, то обнаружилось, что тело отца Ионы было практически нетленным. Казалось, что старца похоронили совсем недавно. Об этом говорили сами сотрудники Ботанического сада, который расположился на территории монастыря.
Пока гроб стоял в неохраняемом храме, у мощей оторвали голову. По рассказам местных жителей, ее использовали в качестве мяча для игры в футбол, а потом отдали художникам. Те, выварив ее и сняв кожу, сделали череп для зарисовок. Дальнейшая судьба святой главы преподобного Ионы осталась неизвестной.
Когда верующие узнали о такой страшной судьбе мощей отца Ионы, активно принялись за их спасение. Один из священнослужителей написал заявление, что является племянником преподобного и просит отдать ему тело старца для захоронения. После этого отца Иону похоронили на Зверинецком кладбище.
С этим событием было связано одно чудо. Священник, который назвался племянником старца, был болен онкологией и уступил преподобному Ионе место на кладбище, которое приготовил для себя. Но после захоронения старца, его болезнь бесследно исчезла, и он прожил еще очень много лет.
