Когда эпидемия прекратилась, отец Павел провел 40 дней в карантине, после чего собралась братия из других монастырей, греки и все русские, подняли из монастыря Ксиропотама пречестное Древо Креста Господня, великую его часть с отверстием, где был забит гвоздь, и совершили крестный ход с множеством духовенства, с крестами и хоругвями и с великим пением в скит святого пророка Илии. И направилась вся братия прямо в скит, и никто не побоялся заразы, но положились на волю Божию. Войдя в соборную церковь, отслужили молебен, освятили воду, погружая в нее само Честное Древо Креста. Потом кропили братию, оставшихся в живых от чумы и весь скит. Отслужили всенощное бдение и Литургию. И было всем в трапезе великое утешение.
По согласию афонской братии и всех оставшихся в живых избрали игуменом иеросхимонаха Павла и утвердили это грамотами. И он опять собрал братию до 40 человек и устроил в скиту общежительный устав и порядок. Но ненавидящий добро враг, дьявол, возмутил малороссов, и восстали они на великороссов, особенно на игумена Павла, требуя ухода из скита всех их, в том числе и отца Павла с его игуменского поста. Отец Павел, посоветовавшись с духовником всех русских афонцев иеросхимонахом Арсением, принял мудрое решение: для сохранения братских отношений между малороссами и великороссами он смиренно уступил требованию малороссов, и великороссы во главе с игуменом оставили Ильинский скит. Хотя отец Павел скорбел о том, что, 35 лет прожив в скиту, он с бесчестием был из него изгнан, но не роптал на малороссов и ученикам своим возбранял говорить о них что либо плохое. Сам же он всегда говорил: «Малороссы великие нам благодетели, они ходатайствуют о том, чтобы мы вошли в жизнь вечную».
Вскоре Господь утешил отца Павла. За его смирение и безропотность дал ему вместо скита великий царский монастырь, вместо одноэтажной малой келлии – пятиэтажный корпус. Осенью 1839 года отцы-греки Русского Пантелеимонова монастыря стали звать отца Павла со всей братией в свою русскую обитель на вечное жительство.
Греки из русского монастыря пришли к отцу Павлу просить его, от лица игумена Герасима и от лица старца Венедикта, перейти на постоянное жительство в Руссик. Вместе они направились в пустыню к духовнику отцу Арсению. Когда дошли до его келлии, то греки, поклонившись старцу в ноги, стали просить благословения на возвращение русских в Руссик. Старец Арсений, исполненный радости, сказал: «Бог их благословит, и я благословляю». Отец же Павел заплакал и, пав тогда перед ним на землю, взмолился: «Отче святой, чтобы не случилось со мной, как с князем». Духовник же его успокоил: «Не бойся, отец Павел, но иди с Богом. Ты там и помрешь. Твои кости вечно будут фундаментом для русских в русском монастыре».
