Панентеизм говорит нам о том, что наш видимый мир находится в Боге, но Бог при этом существует и вне мира. Это концепция отличается от языческого пантеизма, утверждающего знак равенства между миром (природой) и Богом, который сорастворён в ней. Термин «панентеизм» популяризирован в 1828 году философом Карлом Краузе. Развитие этой концепции было связано с попыткой найти промежуточный вариант между пантеизмом и теизмом. Однако ещё на заре новоевропейской философии многие мыслители склонялись в своих рассуждениях к панентеизму. Это хорошо описано в книге Н. А. Соловьёва, С. В. Посадского «Панентеистическая метафизика и квантовая парадигма».
Так панентеистические интуиции Ньютона требовали возврата Бога в природный мир, из которого в рамках механицистского подхода Декарта было изгнано всё, что не сводится к протяжению и механическому движению. Теология Ньютона последовательно провозглашала идею имманентности, наряду с трансцендентностью Бога. Если для Декарта Бог превращался в некое исключительно запредельное миру существо, то для Ньютона Он был подлинным Вседержителем.
Следуя Ньютону, Бог непостижимым образом существует всегда и везде, а не где-либо и когда-либо. Не будучи продолжительностью и пространством и вообще чем-то телесным, Он вездесущ не только по свойствам, но и по сущности, ибо свойство не может существовать без сущности. Возражая Декарту, Ньютон заметил, что его истолкование взаимоотношения универсума и Бога ведет к атеизму. Протяженный материальный мир Декарта приобретал слишком независимый и самостоятельный статус – Бог осуществлял в него свои интервенции откуда-то извне. В итоге не трудно проследить, что дуализм Декарта привёл всё европейское сообщество в начале к деизму (представлению невмешательства Бога в земные дела), а тот последовательно скатился в общем курсе деградации философии в атеизм. Интересно, что Ньютон, имея такой багаж научных открытий, следовал в разработке своей системы абсолютного пространства и времени в рамках неоплатонизма. Но здравая критика декартовских построений встречалась и у других мыслителей. Ещё неоплатоник Г. Мор во многом верно назвал Декарта главой нуллибистов (the Prince of the Nullibists), поскольку на вопрос о том, где присутствует Бог, Декарт давал однозначный ответ: «Nullibi» («Нигде»). Тем не менее представление Ньютона о божественных эманациях в мире ещё нельзя назвать полноценным панентеизмом. Если внимательно изучить его взгляды, то наверняка можно увидеть еретические нотки оппозиционные католичеству.
