«С-13» относилась к классу средних подводных лодок проекта «IX-бис». В основе лодок этого проекта лежала совместная разработка с голландской компанией «Дешимаг» и немецкими специалистами начала 30-х годов. Голландское конструкторское бюро «Инженерскантур вур шипсбоу» («Ingenieurskantoor voor Scheepsbouw»), входящее в концерн «Дешимаг», занималось усовершенствованием имеющихся проектов перспективных подлодок Германии, оставшихся после Первой мировой. Сама же Германия по условиям Версальского договора строить подлодки не имела права. Этим и воспользовалась советская сторона, заказав в 32-м году разработку проектной документации на новую подлодку для советского ВМФ. Техническое задание предполагало достижение хорошей скорости хода, большой глубины и быстроты погружения. Новая лодка должна была отличаться от имеющихся у СССР на тот момент улучшенной конструкцией корпуса и цистерн, удобной компоновкой механизмов, надежной системой продува балласта, а также достаточно длительной автономностью плаванья. В 1933-м году «Союзверфь» и «Дешимаг» заключили контракт и проект утвердили. Поначалу лодки первой серии, построенные по этому проекту, хотели обозначать индексом «Н», что означало «немецкие», но потом передумали, утвердив в названии индекс «С», что означало «средняя».
Но, в 35-м году, в процессе строительства этих подлодок быстро выяснилось, что советское промышленное оборудование не позволяет изготавливать такие субмарины точно по иностранному проекту. Потому проект «IX» переработали, и он получил обозначение "IX-бис". Немецкие дизельные установки «MAN М6-V49/48» заменили на советские дизеля «1Д». Вместе с заменой самих дизелей пришлось изменять и системы смазки, топливного питания, впускных коллекторов и охлаждения. Внесли и другие изменения, но не столь значительные. Серию "IX-бис" начали выпускать с 1936-го года.
В итоге подводная лодка «С-13» получилась более дешевой в производстве при сохранении, практически, тех же параметров. Ее надводная скорость составляла почти двадцать узлов, хотя в подводном положении она могла выжимать всего девять. Зато предельная глубина погружения предусматривалась в сотню метров. Автономность плавания тоже казалась весьма неплохой, до месяца. Управляли субмариной 42 человека. Лодка имела в длину 77 метров, а ее подводное водоизмещение составляло 1090 тонн. Но, по сравнению с огромным линкором двести пятьдесят метров длинной и полным водоизмещением в полсотни тысяч тонн, субмарина, на которой шел Маринеско, выглядела все той же малюткой. Ее основное вооружение составляли четыре носовых и два кормовых торпедных аппарата, рассчитанные под торпеды калибром 533 мм. Шесть торпед находились в аппаратах и еще столько же имелось запасных.
