К моменту появления русских на острове Сахалин (по разным данным, это произошло в XVII или XVIII веке) айнами были заселена его южная часть. После русско-японской войны 1904–1905 годов, когда южный Сахалин отошел Японии и превратился в губернаторство Карафуто, эта часть острова стала интенсивно заселяться японскими мигрантами. На Карафуто фактически установился колониальный режим, при котором японские промышленники и предприниматели в поисках легкой наживы использовали айнское население в качестве дешевой рабочей силы.
Вплоть до завершения Второй мировой войны Япония продолжала проводить государственную политику по ассимиляции айнов, сопровождавшуюся соответствующими культурными запретами: от национальных верований до языка. К 1933 году все айны южного Сахалина получили японское подданство, им присвоили японские фамилии, а молодое поколение в дальнейшем получало и японские имена. К 1945 году оставшиеся на территории южного Сахалина и Хоккайдо айны были фактически полностью ассимилированы. После поражения Японии во Второй мировой войне южный Сахалин и Курильские острова вернулись в состав Советского Союза. В рамках репатриации своего населения с этих территорий власти Японии вывезли большую часть айнов, многих из них – насильственно. Их расселяли в наиболее необжитых местах Хоккайдо. В первые годы после переселения практически половина айнской диаспоры, покинувшей Сахалин, погибла по причине тяжелых бытовых условий и болезней.
На сегодняшний день на острове Хоккайдо проживает 13118 айнов. За период с 2007 по 2017 год их численность уменьшилась на 45% (на 10664 человека). По некоторым независимым оценкам, хотя бы частично айнское происхождение «по крови» имеют в общей сложности до 200 тысяч жителей Японии. Однако большинство из них уже идентифицирует себя в качестве этнических японцев, не знают айнского языка и не интересуются наследием предков.
Продвигавшаяся японскими властями на протяжении нескольких веков политика дискриминации в отношении айнов привела к существенному сокращению их численности, утрате в значительной степени национальных особенностей, включая язык, культуру, религию, традиции. Сталкиваясь с притеснениями, многие представители народности были вынуждены отказаться от национальной самоидентификации и ассимилироваться в японском обществе.
В Японии и по сей день отмечается замалчивание исторических фактов об угнетении айнов. Против такого подхода выступают многие айнские организации, а также и прогрессивные японские ученые.
