В древнейших японских письменных источниках аборигенов называли разными именами, в том числе эмиси (эбису) – названия, которые со временем закрепились за коренным населением северо-восточной Японии. Древние аборигены, и эмиси в частности, сыграли значительную роль в становлении айнского этноса. Со временем слово эмиси было изменено на эдзо (так в прошлом назывался остров Хоккайдо), которое, в свою очередь, стало синонимом слова «айны».
Судьба айнского народа сложилась во многом трагически вследствие политики древнеяпонского государства Ямато, нацеленной на освоение и присоединение новых земель. Позднее айны столкнулись с нарастающим натиском со стороны самурайских кланов северной Японии. Это вело к постепенному упадку айнов как самобытного этноса, который продолжился и после революции Мэйдзи 1868 года, ознаменовавшей начало становления современного японского государства.
Эпизоды враждебных действий против айнов, зафиксированные историками, археологами, этнографами, антропологами, лингвистами, включают в себя вооруженное насилие в отношении айнских общин, подрыв их традиционного общественно-экономического уклада и культурной самобытности, уничтожение естественной среды проживания, дискриминацию, принудительные переселения, насильственную ассимиляцию. Эти действия привели к тому, что уже в первой половине XX века айнский народ в Японии оказался на грани не только полной утраты своего уникального, глубоко самобытного уклада, но и исчезновения.
Ученые различают несколько ветвей айнов, которые отличались друг от друга традициями, обрядами и языковыми особенностями. Основным ареалом обитания айнов стал остров Хоккайдо, где проживала крупнейшая по численности айнская община, а также южная часть Сахалина и Курильские острова. Кроме того, айны селились на северо-востоке Хонсю, юге Камчатки и в низовьях Амура.
Айны на Хоккайдо вели отчаянную борьбу за независимость, неоднократно поднимая восстания, которые подавлялись самурайскими кланами. В 1868 году японское правительство, не сумев взять под контроль ситуацию с хоккайдскими айнами, приступило к политике их форсированной ассимиляции. Происходило вытеснение коренных жителей с родных мест, запрещались использование родного языка и айнских имен, ношение национальной одежды, нанесение татуировок, проведение ритуалов. Вследствие этого айнская идентичность на Хоккайдо фактически была утрачена.
Владевшие русским языком православные курильские айны, отказавшиеся покидать Курилы после их перехода Японии по Санкт-Петербургскому договору от 1875 года, были вывезены японцами на остров Шикотан, где в первый же год большая их часть погибла, не выдержав условий скученной резервации. С целью преодоления голода, японское руководство навязывало айнам ведение сельского хозяйства. Для рыбаков и охотников, не имевших традиций обработки земли, это обернулось гибелью.
